长期以来，植物分类学偏重以植物器官的外部形态特征作为分类的依据。主要的分类工作是采集标本，根据植物营养器官和生殖器官形态的差别进行分类和命名，编写世界各地的植物志以及致力于建立一个能反映自然发展实际的分类系统。工作的场所主要是自然界、标本室及图书馆，所以工具比较简单，手段比较原始，方法也只科学的发展，特别是生态学、细胞学、生物化学、分子生物学的发展，这些学科的成就渗透到植物分类学，产生了新的研究方向。细胞学的资料用作分类学的依据，已越来越被分类学家所重视，如染色体的数目和形态（核型分析）、孢粉形态等作为分类的依据，解决了分类中的大量疑难问题。化学分类学是利用植物化学的特征作为分类的证据。人们发现植物形成各种化学成分的遗传变异和植物科、属系统的演化是基本一致的。一定类别的化学成分常分布在一定的植物科属中，可以解决种属的亲缘关系。数学的思维方式和计算机的使用，使统计分析大量的性状资料成为现实，从而产生了数值分类学。数值分类学的建立，对系统学、分类学的许多工作方法、步骤和概念产生了很大的影响。到了80年代，物种生物学（biosystematics）（实验分类学）、居群遗传学（population genetics）和居群生态学(population ecologty)中居群思想和实验方法的引入，使植物系统进化的研究（尤其小进化 microevolution）进入了新的阶段。对物种的认识、种间关系、变异、分化与适应有了新的认识，取得了很大进展。尤其进入20世纪90年代，分子生物学方法上的突破，给植物系统发育带来了新的活力，分子系统学（Molecular systematics）名词的出现已充分表明了这一点。可见，单子叶与双子叶植物的界限、原始双子叶植物的系统发育都有了新的观点。