学院专业学科强大。具有水利工程一级学科博士授予权、工程硕士授予权和博士后流动站，具有完整的高层次人才培养体系。有博士学位授权学科点7个、硕士学位授权学科点8个。与兄弟学院共建博士点4个、硕士点4个。有国家重点学科2个，省重点学科3个。有农业水利工程、水利水电工程、水文与水资源工程、港口海岸及治河工程4个本科专业。

学院现有博士学位点10个，硕士学位点16个。其中农田水利工程学科于1987年由国务院学位办公布为首批国家重点学科；水利工程一级学科于1988年获批博士授予权；水利工程博士后科研流动站于1990年成立；水利水电工程、水文学及水资源于2002年被评为国家重点学科；水利工程一级学科于2007年被教育部认定为国家重点学科，其中包含水文与水资源、水力学及河流动力学、水工结构工程、水利水电工程和港口海岸及近海工程。水利水电工程于2007年成为第一批全国高等学校第二类特色专业建设点。水利工程学科同时也是国家“211工程”、“985工程”的重点建设学科。“农田水利工程”、“流域开发及河流工程”、“水工结构工程”是“九五”、“211工程”重点建设学科。2011年水利水电工程专业进入教育部“卓越工程师培养计划”，“水资源与水利水电工程学科群”是“十五”、“211工程”重点建设学科。“985工程”三期将学院水利工程列入世界一流学科创建计划。