江苏省水利部门水质监测工作始于五十年代，主要监测内容为重要河湖水化学参数。

一九五七年开始筹备成立水化 学分析室，一九五八年江苏省水利厅成立水化学分析室，承担全省各水文测站的水样分析任务。

一九五九年在徐州、淮阴、盐城、扬州、南通、镇江、苏州地区水文站先后成立水化学分析室，负责本辖区内主要河湖的水化学分析工作。

一九六六年至一九七四年各分析室停止监测工作。

一九七五年重新开始部署水质监测工作，于一九七六年恢复七个地区级的水质监测工作。

因我省七十年代经济发展较快，工业废水和生活污水的排放对河湖水域的水质产生不同程度污染影响，为了适应形势发展的需要，在原来水化学分析的基础上，增加了挥发酚、氰化物、砷化物、汞、铬及部分重金属的分析参数。

一九七八年对全省水质监测站网进行了初步规划，于一九七九年按规划水质站网全面实施监测。

我省水文总站水质监测工作在一九八○年前由总站测验科分管，一九八○年经省编委批准，成立江苏省水利厅水质监测中心化验室。

一九八六年省水文总站正式成立水质科，为我省水资源管理、开发、利用、保护及科研工作提供水质监测数据和分析成果打下了基础。

一九九三年经水利厅批准同意“江苏省水利厅水质监测中心化验室”易名为“江苏省水环境监测中心”，各市水文机构水质分析室皆改名为“江苏省水环境监测中心××分中心”。

江苏省水环境监测中心（网点）于1996年首次通过国家级计量认证，获合格证书，2001年通过复查换证评审，继续保持向社会出具第三方公正数据的权利。