为深化基建管理体制改革，按照项目法人责任制的要求，在原淮委怀洪新河工程指挥部、淮委东调南下工程指挥部的基础上，淮委以《关于成立淮河水利委员会治淮工程建设局的通知》（人劳[1998]49号）批准成立淮河水利委员会治淮工程建设局,作为治淮中央直属工程的常设项目法人机构。

2002年元月水利部人教司以《关于淮河水利委员会职能配置、机构设置和人员编制方案的批复》（人教劳[2002]3号）批准淮河水利委员会设置治淮工程建设局,并将其更名为淮河水利委员会治淮工程建设管理局。2002年2月水利部人教司以《关于明确淮河水利委员会治淮工程建设管理局规格的通知》（人教劳[2002]12号）将淮河水利委员会治淮工程建设管理局定为副局级单位。

2002年4月中央机构编制委员会办公室以《关于印发〈水利部派出的流域机构主要职责、机构设置和人员编制调整方案〉的通知》（中央编办发[2002]39号）批准淮河水利委员会设置治淮工程建设管理局，作为淮委的直属事业单位。

2002年8月水利部以《关于印发〈淮河水利委员会主要职责、机构设置和人员编制规定〉的通知》（水人教[2002]324号）核定淮河水利委员会治淮工程建设管理局编制为55人。

2004年6月，水利部以《关于同意淮河水利委员会治淮工程建设管理局增挂水利水电工程建设管理中心牌子的批复》（人教劳[2004]39号）同意我局增挂“淮河水利委员会水利水电工程建设管理中心”的牌子，并取得工程咨询甲级资格证书。

2011年9月淮委根据水利部《关于印发〈淮河水利委员会主要职责机构设置和人员编制规定〉的通知》（水人事[2009]644号）精神及国家有关法律法规规定，核定治淮工程建设管理局（水利水电工程建设管理中心）公益事业人员编制50人。