为深化基建管理体制改革，按照项目法人责任制的要求，在原淮委怀洪新河工程指挥部、淮委东调南下工程指挥部的基础上，淮委以《关于成立淮河水利委员会治淮工程建设局的通知》（人劳[1998]49号）批准成立淮河水利委员会治淮工程建设局,作为治淮中央直属工程的常设项目法人机构。

2002年元月水利部人教司以《关于淮河水利委员会职能配置、机构设置和人员编制方案的批复》（人教劳[2002]3号）批准淮河水利委员会设置治淮工程建设局,并将其更名为淮河水利委员会治淮工程建设管理局。2002年2月水利部人教司以《关于明确淮河水利委员会治淮工程建设管理局规格的通知》（人教劳[2002]12号）将淮河水利委员会治淮工程建设管理局定为副局级单位。

2002年4月中央机构编制委员会办公室以《关于印发〈水利部派出的流域机构主要职责、机构设置和人员编制调整方案〉的通知》（中央编办发[2002]39号）批准淮河水利委员会设置治淮工程建设管理局，作为淮委的直属事业单位。

2004年6月，水利部以《关于同意淮河水利委员会治淮工程建设管理局增挂水利水电工程建设管理中心牌子的批复》（人教劳[2004]39号）同意我局增挂“淮河水利委员会水利水电工程建设管理中心”的牌子，并取得工程咨询甲级资格证书。

淮委建设局机构设置:

1、建设局下设综合处、计划财务处、项目管理处（招标投标办公室）、质量与安全管理处。招标投标办公室挂靠在项目管理处。

2、建管中心下设综合部、人事劳动部、财务部、项目部。

3、建设局根据工作需要经淮委批准组建工程现场管理机构，作为项目法人驻工地代表，按照有关规定履行职责。

先后组建的现场管理机构：淮委怀洪新河工程建设管理处、淮委东调南下工程建设管理处、淮委石梁河水库扩大泄量工程建设管理处、淮委蚌埠闸扩建工程建设管理处、淮委省界河道工程建设管理处、淮委入海水道工程建设管理局、淮委淮河防汛调度设施工程建设管理处、淮委洪汝河下游河道治理工程建设管理处、淮委南水北调东线工程建管局、淮委淮干整治及堤防加固工程建管处、淮委刘家道口枢纽工程建设管理局、淮委沙颍河治理工程建管局、淮委南水北调中线一期陶岔渠首枢纽工程建设管理局。

4、 各处根据需要设置科室。