办公室

承担文电、会务、机要、档案、信息、保密、信访、督办、接待、政务公开和重要文稿起草等工作；承担党务、纪检、监察、机构编制、人事、社会保险、工青妇、计划生育、离退休人员服务等工作。

计财科

负责经费预算编制执行、会计核算、会计监督、财务统计、固定资产管理、经济合同管理、审计等工作。

环保审批科

组织编制环境保护发展规划、计划；负责建设项目的环境影响审批；承担建设项目“三同时”管理以及污染防治设施的竣工验收；组织实施环境保护目标责任制、污染减排考核和城市环境综合整治工作。

环境监督科

承担对水体、大气、噪声、固体废物、机动车等环境污染防治工作的监督管理；协调、监督海洋环保工作；负责调查处理环境污染事故、环境污染纠纷。

水资源科

拟订水资源开发利用规划、分配计划；实施取水许可证制度；负责供水工程、水库的建设和管理工作以及供水行业管理。负责节约用水工作。

河道堤防与水土保持科

组织、协调河道、滞洪区、海堤、河口滩涂等水域的建设和管理工作，审批其范围内的建设项目；承担河道综合治理，监督管理河道范围内水工程设施日常运行维护；拟订水土保持规划并监督实施；分级审批建设项目(含土石方工程)水土保持方案并监督实施。