深孔加工是处于封闭或半封闭的状态下，故不能直接观察到刀具的切削情况。只能凭经验，通过听声音、看切削、观察机床负荷及压力表、触摸震动等外观现象来判断切削过程是否正常。
切削热不易传散。一般切削过程中有80%的切削热被切屑带走，而深孔钻削只有40%,刀具占切削热的比例较大，扩散迟、易过热，刀口温度可达600度，必须采取强制有效的冷却方式。
切屑不易排出。由于孔深，切屑经过的路线长，容易发生堵塞，造成钻头崩刀。因此，切屑的长短和形状要加以控制，并要进行强制性排屑。
工艺系统刚性差。因受孔径尺寸限制，孔的长径比较大，钻杆细而长，刚性差，易产生震动，钻孔易走偏，因而支撑导向极为重要。这点在枪钻机床中更为突出。
