湖南省水环境监测中心内设监测业务室、质量保证室、分析测试室三个职能部门，下辖永州、衡阳、湘潭、长沙、邵阳、洞庭湖、怀化、常德、湘西9个水环境监测分中心，以及郴州、株洲、娄底、岳阳张家界5个水环境监测室，在全省主要江河湖库等水域已建155个水环境监测站。省中心业务归口省水利厅水政水资源处，各市分中心（监测室）挂靠各级水文水资源勘测局，由各市水利局、水文水资源勘测局实行双重领导。全省从事水环境监测工作人员共有260多人,实验室面积达10000m，拥有车载式应急监测系统、气质联用仪、原子吸收仪、流动注射仪、原子荧光仪等各类精密仪器。全省各监测中心（网点）取得了国家认证认可监督管理委员会的国家计量认证合格单位法定资质[证号：(2002)量认(国)字(1621)号]，具备了地表水、地下水、大气及降水、生活饮用水（含天然矿泉水）、农灌用水、渔业用水、锅炉用水和冷却水、废污水、底泥质等共11大类112项目的监测能力，具备向社会提供具有法律效力的公正数据的资质。