环境保护行政主管部门(以下简称环保部门)其职责是对本辖区的环境保护工作实施统一监督管理。作为行政执法主体，环保部门根据我国有关的环保法律法规和地方环保方面的规范性文件之规定，以及《行政处罚法》等相关法律法规的规定，有以下九种权力。

1、审批权

“环境保护法”和国家《建设项目环境保护管理办法》规定,建设污染环境的项目，应进行环境影响评价，其环境影响报告书或表，必须依照规定程序报环保部门批准。环保部门履行的是第一审批权。

根据国家《建设项目环境保护管理办法》规定，建设项目初步设计环保篇章也须报环保部门审查同意，否则有关部门不予办理施工执照。

2、许可权

根据有关法律法规的规定，一切直接或间接向环境排放污染物的单位要向环保部门申报登记，环保部门对不超过国家和地方规定的污染物排放标准及国家规定的企事业单位污染物排放总量指标的，发给排污许可证。排污单位必须按排污许可证的规定排放污染物，禁止无证排放。

3、验收权

“环境保护法”第二十六条规定:建设项目中防治污染的设施必须与主体工程实行“三同时”制度，防治污染的设施经原审批环境影响报告书的环保部门验收合格后，该建设项目方可投入生产或者使用。同时限期治理项目的验收权也由环保部门具体行使。

4、收费权

收费权是我国“环境保护法”第二十八条规定的，同时“水污染防治法”也规定向水体排放污染物单位还应缴纳排污费。国家又规定排放二氧化硫的单位要缴纳二氧化硫排污费。环保部门据此按照国务院发布的《征收排污费暂行办法》和国家其他有关规定，向当地物价部门办理《收费许可证》行使收费权。

5、限期治理权

国家有关法律规定，对造成严重环境污染的企事业单位限期治理，限期治理决定一般由各级人民政府根据管理权限作出。但环保部门也有限期治理部分污染的决定权。只要同级政府授权，环保部门就以自己的名义责令有关单位限期治理。

6、检查权

“环境保护法”第十四条规定，环保部门有权对管辖范围内排污单位进行现场检查。检查内容包括污染源、污染防治设施及其运行、操作、管理情况，建设项目执行“环境影响评价”与“三同时”制度情况，限期治理情况，环境污染与破坏事故情况，其他情况。环保部门的检查具有强制性、随机性,被检查单位不得拒绝，而且应当如实反映情况二提供必要的资料,不能弄虚作假。同时环保部门有义务为被检查单位保守业务技术秘密。

7、调查权

“行政处罚法”规定，行政机关发现公民、法人或者其他组织有依法应当给予行政处罚行为的，有权进行调查。调查人员不得少于二人。调查时应出示证件，制作笔录并交被询问人核对姓名。在收集证据时，可采取抽样取证的办法。在证据可能灭失或者以后难以取得的情况下，经行政机关负责人批准，可以先行登记保存。调查必须全面、客观、公正。

8、处罚权

根据环境保护法律、法规的规定，环保部门对违反环境影响评价制度、“三同时”制度、排污申报登记制度、现场检查制度、限期治理制度的单位，违反规定贮存、堆放、弃置、倾倒、排放污染物、废弃物的单位，违反危险废物特别规定的单位以及发生污染事故的单位，视不同情节，可依法给予警告、罚款、吊销许可证和责令停产停工、停止使用等行政处罚。实施行政处罚必须以事实为依据，以法律为准绳，遵循公正、公开的原则，履行亮证、先知、送达、出具罚款收据等法定程序。实施重大行政处罚前还应履行听证程序，当事人要求举行听证的，环保部门应举行听证。没有法定依据或不遵守法定程序的行政处罚无效。

9、调解权

“环境保护法”第四十一条规定，造成环境污染危害的，有责任排除危害，并对直接受到损害的单位或个人赔偿损失。赔偿责任和赔偿金额的纠纷，可以根据当事人的请求，由环保部门或者其他环境监督管理部门调解处理。调解坚持自愿的原则，被申请人负责举证。环境保护部门的调解属居中协调解决，不具有法律约束力,当事人不服，可向人民法院提起诉讼，但这种公诉是民事诉讼，是就原污染赔偿纠纷提起的，环保部门不是被告。当然，当事人也可以不经环保部门调解直接向人民法院提起民事诉讼。