生态系统服务功能是指生态系统为人类提供食品、医药、木材及工农业生产的原材料产品的生产功能，以及保持土壤、涵养水源、调节气候、净化环境、减轻自然灾害、保护生物多样性等的生态调节与生态支持功能。

此次将全国生态功能区划分为3个等级。首先根据生态系统的自然属性和所具有的主导服务功能类型，将全国划分为生态调节、产品提供与人居保障3类一级生态功能区。其次，在生态功能一级区的基础上，依据生态功能重要性划分二级生态功能区，生态调节功能包括水源涵养、土壤保持、防风固沙、生物多样性保护、洪水调蓄等功能。产品提供功能包括农产品、畜产品、水产品和林产品。城镇人居保障功能包括都市带和城镇群功能区等。最后，在二级区的基础上，按照生态系统与生态功能的空间分异特征、地形差异、土地利用的组合来划分三级生态功能区。

课题组根据对我国生态安全具有重要意义的10类生态服务功能，即水源涵养、土壤保持等，将全国三级生态功能区进行归类，分析各类生态功能区的空间分布特征面临的问题和保护方向。对具有多种生态服务功能的生态功能区，按主导生态服务功能进行归类。

中国科学院副院长丁仲礼说：“生态系统服务功能研究是当前国际科学研究的前沿领域。该区划力求符合我国生态环境保护的要求以及我国国情的特点，为国家主体功能区的划分、生态补偿机制的建立奠定了基础。”