福建工程学院环境与设备工程系建有建筑环境与设备工程、建筑电气、给排水工程、环境工程、基础化学五个教研室；制冷空调、建筑消防、环境监测、水污染控制、废弃物资源化技术、流体力学等十二个专业实验室和基础实验室。在省内外20多个重点企业中建立了产学研实习基地，还建立了“福建省环境科学与工程实验教学示范中心”。

设有“福建绿色节能环境材料工程中心”（高校科技创新平台）、“福建工程学院－福建海源企业绿色节能环境材料工程中心”、“福建工程学院环境保护研究所”和“福建工程学院燃气与节能技术研究所”等科研机构。承担了包括省自然科学基金在内的32余项科研课题，获得多项省部级科技奖励，获得多项国家专利。目前主持包括5项省自然科学基金、省重点项目在内的13项科研项目。

拥有享受国务院津贴的教授和聘为国家教育部环境工程教学指导员会委员等高水平师资力量，教师具有扎实理论基础、工程实践能力、较强的科研能力和丰富的教学经验。开展产、学、研合作，力争为福建省培养一线应用型高技术人才。聘请省内外10多名知名专家、学者为兼职教授、客座教授和顾问，参与人才的培养和建设。办学质量得到各方面的好评，毕业生就业率多次名列全校前茅，受到工程界的欢迎，在海西经济建设中发挥了重要作用。