本次普查标准时点为2017年12月31日，时期资料为2017年度资料。2016年第四季度至2017年底为普查前期准备阶段，重点做好普查方案编制、普查工作试点以及宣传培训等工作。2018年为全面普查阶段，各地组织开展普查，通过逐级审核汇总形成普查数据库，年底完成普查工作。2019年为总结发布阶段，重点做好普查工作验收、数据汇总和结果发布等工作。
2018年12月，第二次全国污染源普查暨全国土壤污染状况详查工作推进视频会议召开。各地区在前期高标准完成清查工作基础上，整体推进污染源普查入户调查工作，相关任务已基本完成，为确定全国污染源普查对象名录库、建立普查数据库、产出“一套数”“一张图”“一套核算方法”奠定了坚实基础。
