企业的业务、财务管理体制、流程及其管理都会对财务业务一体化产生影响，使企业在财务业务一体化方向中出现了极大的阻碍。

（一）传统财务会计的影响

许多企业设置有财务、统计、营销、采购、生产、行政、人事及董事会、高级管理层等部门，除财务部门外，许多部门都或多或少的行使着企业财务、业务系统的基本职能。而财务部除了会计核算工作外，并未参与管理工作。受传统的企业财务影响，企业很难及时处理信息，无法做到实时监控和决策，很大程度上影响企业的财务业务一体化。

（二）软件应用不协调的影响

使用软件的企业不能充分有效利用软件，无法使业务部门和财务部门协同工作。业务部门与财务部门各自采用一套软件处理其数据，不能及时沟通信息和协同更正信息。

（三）信息孤岛的影响

由于业务软件系统局限于业务部门，形成信息孤岛，数据共享性差，有些看似复杂却很普遍的问题都是由很多细节或经验来支撑的。随着企业业务发展，业务流程、单证手续日趋复杂，对于不同产品品种、战略品种或不同区域，其业务处理呈现出个性化的趋势。企业在适应这些需要时，要经常处理不同的特殊业务，因此需要有一套业务部门与财务部门都认可的正规程序、规定，以协同处理这些不同的特殊业务。