根据上述职责，市水利局设8个内设机构：
（一）办公室
协助局领导组织机关日常工作，负责综合性文件材料、公文来电、会务、机要保密、档案等日常运转工作；承担信访、公务接待、人大政协建议提案、综合协调、督察督办、新闻发布、政务公开和水利信息化工作；负责目标管理、固定资产管理工作；负责局重大活动、重要会议的组织和后勤服务等工作；负责机关内部规章制度建设；指导监督全市水利系统安全生产工作。
（二）人事教育处（科技与对外合作处）
负责局机关、直属单位组织和统战工作；按管理权限负责局机关和所属单位干部管理、人事调整和人员招聘、机构编制、劳动工资变动审核报批工作；负责局机关和直属单位干部培训、对外交流、出国（境）管理工作；按干部管理权限负责干部的培养、选拔及考核奖惩等具体工作。负责局机关和直属单位领导班子建设工作；组织指导全市水利行业专业技术职务申报、评审工作；负责局机关和直属单位专业技术职务聘任工作；指导全市水利行业劳动保护、职工队伍建设工作；负责局机关和直属事业单位分配制度改革工作；牵头组织全市水利奖励工作；负责拟定全市水利科学技术发展规划；组织水利科学技术研究和推广；落实省级以上水利行业技术质量标准和水利工程规程、规范并监督实施；拟定全市水利系统职工教育培训中长期和年度计划并组织实施；负责局机关和直属单位并指导全市水利职工继续教育工作。
（三）财务审计处
指导全市水利系统财务会计工作；研究提出有关水利的价格、收费、税收、信贷、财务等方面意见；研究水利投入机制和筹资政策；负责有关水利资金的计划、使用、管理及监督； 指导全市水利行业国有资产的监督管理工作；指导全市水利系统的内部审计工作；负责局机关和直属单位财务管理、经费预算的编制和执行情况的审计监督工作；负责局属单位领导干部的任期经济责任审计工作。
（四）规划计划处
指导全市水利规划工作；拟订全市水利发展战略规划、中长期规划、年度计划，组织编制流域(区域)水利综合规划、专业规划、专项规划和边界水利规划并监督实施；参与市际边界水利规划协调；负责全市水利投资计划的综合平衡，拟订市级水利固定资产投资计划；编制、审查、批准或上报省大中型水利建设项目的建议书、可行性研究报告；负责水利统计工作。
（五）基本建设处（水利工程质量安全监督处）
指导全市水利基本建设管理工作；负责市大中型水利工程的报建登记、开工审批工作以及水利行业建设工程项目招标、投标活动等工作；指导全市水利工程质量监督和建设监理工作；指导水利建设市场的监督管理工作；组织审核全市水利建设相关单位的资质及执业人员的资格；执行或拟定、修订市级（地方）水利建设工程定额；负责水利建设项目的督查和市级验收。
（六）水政水资源处（市节水型社会建设办公室）
负责全市水资源统一管理、保护和监督工作；负责全市计划用水、节约用水工作；组织实施取水许可制度和水资源费征收；组织拟定水资源保护规划、节约用水规划和城市供水水源规划，并会同市有关部门拟定全市水中长期供求计划和水量分配方案；组织水功能区的划分和向饮水区等水域排污的控制；组织监测河湖库的水量、水质，审定水域纳污能力，提出限制排污总量的意见；按照文件规定，与市有关部门共同做好在水利工程管理范围内设置排污口的审核审批工作；发布全市水资源公报和水质监测简报；根据有关规定，指导城市水务一体化工作。
拟订涉及水利建设、管理的规范性文件，编制水利行政法制建设规划；研究提出有关水利方面政策措施并监督检查；对其他部门起草的规范性文件中涉及水利方面的内容提出意见；组织指导全市水政监察和水行政执法、水行政规费征收工作；承担规范性文件、行政处罚的审核工作；承办行政复议、行政应诉、行政赔偿及普法宣传教育工作；负责重大水事纠纷的调处；负责市行政服务中心水利局窗口管理工作；牵头办理其他部门行政许可事项征求市水利局意见的答复；指导全市水利行政执法队伍的建设和管理；指导局直属单位法律事务；负责对全局合同进行综合管理，对合同的执行情况进行监督检查。
（七）工程管理处（城市水利处）
负责全市各类水利设施、水域及其岸线的管理与保护；指导管理范围内河道、水库及河口、海岸滩涂、湿地等水土资源的治理和开发；指导全市河湖和水利工程的安全运行管理；组织指导全市水库大坝的安全监管；拟定全市重点利工程的岁修计划并组织实施；负责城市防洪工程管理和城市饮用水源调度工作，负责河道、水库采砂管理工作。
（八）农村水利处
编制全市农村水利发展规划，拟定农田水利中长期规划和年度计划，拟订农村水利发展政策；指导全市农村水利工作和农村水利服务体系的建设，指导全市灌区管理工作，指导节水灌溉、乡镇供水和小水电工作，指导全市中低产田改造中水利方面的工作以及丘陵山区小流域治理工作，组织指导全市水土保持工作，拟定水土保持工程措施规划和计划并组织实施；组织水土流失的监测和综合治理。负责市级重大建设项目水土保持方案的审批、监督实施及水土保持项目的验收工作，负责水土流失监测、预报并公告。协调农田水利基本建设、农村河塘疏浚整治、农村饮水安全工程建设。
离退休干部处 负责本局及所属单位的离退休人员管理工作。
纪检监察机构按有关规定设置。
