（一）划入职能
1、全市地下水资源行政管理职能。开采已探明的矿泉水、地热水由水行政主管部门先办理取水许可证。用于商业经营的企、事业单位，凭取水许可证向国土资源行政主管部门登记，办理相应采矿许可证。
2、水生动物防疫、境内检疫职能。
3、原市农业委员会承担的全市农田水利基本建设职能。
（二）划出职能
在宜林地区以植树、种草等生物措施防治水土流失的政府职能交市林业局。
（三）转变职能
1、按照国家资源与环境保护的有关法律法规和标准，拟定水资源保护规划，组织水功能区划分，监测江河湖库的水质，审定水域纳污能力，提出限制排污总量的意见，有关数据和情况应通报市环境保护局。
2、将水利工程建设项目报建审批、水产技术推广许可审批、水产新技术和引进技术审批、水利工程招投标标底审批、推广渔用饲料新产品审批、水利工程管理范围内开展旅游经营活动审批等改为备案。
