(一)办公室。负责机关综合协调、督查督办和宣传调研工作;负责文件管理、信访、文秘事务、机关日常政务管理、联络接待、保密保卫等行政事务;负责制定机关内部规章制度并组织实施。承担政务公开、新闻发布工作。负责机关、直属单位的机构编制、人事管理、社会保障工作;负责水利体制改革的有关工作;制定全市水利科学技术发展规划、组织重点水利科学研究、技术引进和科技推广;指导各县(市、区)水利试验、科技示范、科技推广与技术服务机构工作;制定并组织实施水利系统教育、培训规划;负责指导水利行业人才队伍、职工队伍建设和职业技术教育工作;负责机关离退休干部管理和服务工作,指导直属单位的离退休人员管理工作。
(二)规划建设科。负责全市水利规划统一管理工作,拟订全市水利发展战略规划,中长期发展和年度计划,制定水长期供求计划;编制流域和区域的水利综合规划,负责归口管理水利专业规划和专项规划的编制和审批;审核水利基本建设项目建议书和可行性研究报告;提出水利基本建设投资安排建议,负责水利投资计划下达和管理;负责全市水利基本建设和综合统计;负责水利勘测设计管理工作。指导全市水利工程建设管理工作,拟订有关规章制度并监督实施;审批水利工程开工报告;按照规定权限负责水利工程验收和审核;组织水利优质工程评定;监督管理全市水利建设市场、水利工程建设项目法人、水利工程招标投标及建设监理工作;负责设计、施工、监理单位资质审查。
(三)水政水资源科。负责全市水资源管理、配置和保护。组织全市水资源调查、评价和监测工作;实施水资源取水许可、水资源有偿使用和水资源论证制度;指导县(市、区)计划用水和节约用水工作;组织编制水资源保护、饮用水水源保护、城市供水水源规划;组织审定江河湖库纳污能力,提出限制排污总量意见;指导城市防洪、城市污水处理回用等非传统水资源开发工作;组织指导地下水资源开发利用和城市规划区地下水资源管理保护;负责市、县级水利水电建设项目环境影响报告书(表)行业预审工作;组织全市涉水违法事件的查处,协调、仲裁跨县(市、区)水事纠纷,组织实施水政监察和水行政执法。指导全市水利行政许可工作并监督检查;承办相关行政应诉工作。拟订节约用水政策,组织编制并协调实施节约用水规划,组织指导计划用水、节约用水工作。组织实施用水总量控制、用水效率控制、计划用水和定额管理制度。指导和推动节水型社会建设工作。
(四)财务审计科。负责市本级各类水利投资项目的核算、监督和管理;编制全市水务行业财务统计工作;负责市级水利建设基金征收管理;拟定有关水务价格、收费等方面政策建议;负责局机关财务、资产管理并指导局属单位的财务管理工作;负责对局属单位财务收支进行审计监督;会同或参与对全市各类水利专项资金的使用管理检查、审计和验收。
(五)河湖及工程管理科。指导全市江河堤防、水库、湖泊等水工程及水域、岸线的管理与保护;指导主要江河、各类水库、湖泊滩涂的治理开发和监督实施;负责监督实施有关涉河管理地方性规章制度;负责编制和审定中小河流有关治理项目专项规划;负责堤防、水库、水闸、水电站等水工程的注册登记、安全鉴定和水库、水电站大坝的安全监管,负责对各类涉河开发项目实施防洪影响综合评价;负责全市重点河道采砂审批和监管,组织编制有关河道采砂专业规划并监督实施。
(六)农村水利和水土保持科。组织编制全市农村饮水安全工程建设发展规划;指导全市农村水利社会化服务体系建设;指导全市农村饮水安全工程建设与监督;组织实施经济开发区的农村饮水安全工程建设。负责防治水土流失工作。拟订全市水土保持规划并监督实施;组织实施水土流失的综合防治、监测预报并定期公告;负责有关建设项目水土保持方案的审批、监督实施及水土保持设施的验收工作;指导国家和省重点水土保持建设项目的实施。
(七)安全监督科。承担全市水利行业安全生产工作,组织开展水利行业安全生产大检查和专项督查;负责市级水利工程建设项目的稽察;参与对中央和省级投资水利工程建设项目的稽察;承担对水利工程建设过程中违规、违纪事件进行查处工作。
(八)河湖长制工作科。承担全市河湖长制组织实施具体工作,组织编制工作方案、计划和考核目标,组织拟订管理制度,监督工作落实,组织实施考核,协调有关部门处理相关问题和纠纷等工作。组织落实省、市总河湖长和省、市河湖长会议确定事项。
(九)水旱灾害防御科。组织编制全市洪水干旱防治规划和防护标准、重要江河湖泊和重要水工程的防御洪水抗御旱灾调度以及应急水量调度方案并组织实施。承担水情旱情及山洪灾害预警工作。组织协调指导蓄滞洪区安全建设、管理和运用补偿工作,承担洪泛区、蓄滞洪区和防洪保护区的洪水影响评价工作。
机关党委。负责机关和直属单位的党群工作。