保护级别：该种列入《国家重点保护野生植物名录（第一批）》：Ⅰ级；《世界自然保护联盟濒危物种红色名录》（IUCN）：无危（LC）。

保护现状：稀有种。裸果木为亚洲中部荒漠区内比较稀少的残遗种，属古地中海成分，是构成石质荒漠植被的重要建群树种之一。由于生存条件恶劣，繁殖困难，又常遭樵采和骆驼啃食，分布区已日益缩小。

保护措施：应在分布集中的地区建立自然保护区，严禁樵采和放牧，或划出一定的保护范围，由当地县旗、农场或牧场保护好这一珍贵的残遗植物。 要重视对裸果木的迁地保护，人工繁育，杜绝或尽可能地减少人类活动的破坏。

濒危原因：

1. 种子的结籽率低。裸果木种子结籽率低，造成有性繁殖受到限制，克隆繁殖加大，种群遗传多样性降低，适应环境的能力变弱。

2. 人为活动剧烈。裸果木的分布区自然条件恶劣，并且大多数是牧区，过度放牧现象严重，同时在其分布的许多地方是矿区，造成生境破坏。

3. 裸果木种子无休眠现象。在条件适宜的环境中，饱满的裸果木种子很容易发芽，导致土壤中保存的裸果木种子很少，如果刚发芽的种子遇上恶劣气候，会造成幼苗大量死亡。