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按使用的质量分析器类型分为磁质谱仪、四极杆质谱仪、离子阱质谱仪、飞行时间质谱仪和傅里叶变换质谱仪等。
按应用范围可分为放射性核素质谱仪、无机质谱仪和有机质谱仪。
按分辨本领还可分为高分辨、中分辨和低分辨质谱仪。
按工作原理可分为静态仪器和动态仪器。