根据上述职责，市城乡建设局设8个内设机构：
负责机关党务、政务工作的综合协调；承办文秘档案、宣传、政务公开、信息、信访、保密、后勤保障等工作；负责机关内部会议决定事项及领导交办事宜的督办落实和结果反馈工作；安排组织各类会议和活动；指导建设系统精神文明建设、法制建设及宣传教育工作；负责局系统内行政监察工作；负责机关及下属单位人事、机构编制和离退休干部职工工作；负责工程专业技术职称、职务评聘工作；承办领导交办的其他工作。
研究拟定全市城市建设发展战略和中长期计划，制定城市建设发展政策措施和制度规定，并监督实施；参与市域城镇体系规划、土地利用总体规划以及县市区城镇体系规划、城市总体规划的审查，参与指导各类专项城市建设规划的编制和实施。指导全市城镇供水排水、燃气热力、市政设施、垃圾与污水处理、园林绿化、城市雕塑、市容环卫等市政公用设施建设、安全和应急管理工作；指导城市管理工作；参与城市建设重大项目的选址、可行性研究以及初步设计评审等工作，并监督实施。负责城市建设项目的储备管理和立项申报工作；承担历史文化名城、风景名胜区审查报批和保护监督工作；负责全市国家、省级园林城市和中国人居奖的评选报批工作；负责组织世界自然遗产申报工作，会同文物等部门组织世界自然与文化双重遗产申报工作；负责全市城市建设补助资金计划项目审核申报、监督实施工作；负责全市城市建设业务培训和统计年报审核、汇总工作。
研究拟定全市工程建设和建筑业、勘察设计咨询业发展规划、产业技术政策、改革方案；组织拟定规范建筑市场主体准入、质量、安全行为以及工程法人负责、招标投标、建设监理、合同管理和风险管理的规章制度并监督执行；负责全市勘察设计业和建筑业行业管理、市场管理，综合管理建筑行业企业单位资质和从业人员资格；指导管理建筑工程勘察、设计、造价、招标投标、施工质量、施工安全工作，组织或参与工程质量、安全事故、违规案件调查和统计上报；负责限额以上房屋建筑和市政基础设施建设项目初步设计审批报审、施工图审查备案、开工许可审批和竣工验收及备案管理，参与建设项目论证评估、可行研究、方案审查等前期工作；归口管理建筑节能、建筑新科技推广应用和建设系统教育工作，指导建筑行业职工继续教育、资格性岗位培训、应急性岗位培训和职业技能培训鉴定工作。
负责酒泉市区市政道路、桥梁、照明、供水排水及燃气、热力等市政公用设施的管理、运行维护；负责组织实施酒泉市区市政工程项目的建设；负责调查、收集、登记、整理、上报市政公用行业动态情况；负责酒泉市区市政公用行业的特许经营管理和日常监管工作；组织市政公用设施建设工程的竣工验收工作，编制工程竣工决算书。负责世纪广场建设和管理工作。
负责制定全市城建档案工作的业务规范和技术标准并组织实施。负责全市城建档案工作的业务指导和监督；负责全市城建档案工作人员的岗位培训；负责建设工程竣工前的城建档案专项预验收；参加建设工程竣工验收；负责肃州区辖区内建设工程档案的收集、整理、归档、保管和利用；负责统一接收、管理城区规划区范围内的地下管线档案，参加地下管线竣工验收工作；负责全局文书档案的收集、立卷、保管、利用、销毁工作；负责本市各类城市建设声像档案的拍摄、制作、编目、著录与提供利用工作。
负责对全市建设市场执法监察的业务指导；负责制定全市建设执法工作的考核标准，组织开展执法人员的考核培训；实施建筑市场方面的法律法规、规章规定的行政执法和处罚权。对市、区工程建设和建筑市场中的违法、违规行为实施行政处罚；负责有关建筑市场方面的举报、投诉案件的落实、处理工作。负责行使局系统内的行政处罚职能，实行局系统内的行政综合执法。
负责贯彻执行国家和省有关村镇建设管理的法律、法规，拟定全市村镇建设管理规章及政策措施，指导全市村镇建设和管理工作;参与指导全市村镇建设总体规划和重点小城镇规划的编制、评审工作。负责全市历史文化名镇、名村审核报批和保护监督工作;负责制定全市村镇建设工作中长期发展计划和年度计划，拟定村镇建设资金补助计划;负责组织实施村镇建设试点工作，指导监督、检查全市村镇房屋建设及基础设施建设管理工作。指导村镇建筑新成果、新技术、新标准推广工作;指导全市小城镇建设的综合开发与管理工作，指导检查小城镇房屋和公共设施建设管理工作。指导全市小城镇基础设施项目建设；根据职责承担城乡一体化相关工作;负责全市村镇建设管理人员的业务培训以及统计年报审核、汇总工作。
负责编制酒泉市区市政基础设施建设项目计划；负责项目初步设计方案和立项报批工作;依据工程项目计划委托有资质单位完成工程规划设计方案编制及施工图纸设计，编制建设项目投资概算书;负责办理工程用地、规划、环评等手续；组织工程招标投标活动;参与市政工程竣工验收和资料备案；负责确认工程量，审查工程竣工决算书，并报请审计。
