三峡院始建于1958年11月，当时根据党中央成都会议《关于三峡枢纽工程和长江流域规划的意见》的精神，为加速三峡水利水电枢纽工程勘测和科研工作而成立。其主要任务是为开发和综合利用长江三峡及其周边地区的水力资源，为大、中型水利枢纽工程的规划、设计与施工进行工程勘察，提供测量、地质勘察、地震监测等基础资料与研究成果。同时，还承担国家和有关部委下达的重大科研任务，承接各类工程勘测、岩土工程等项目。在几十年的历程中，先后曾用“长办三峡指挥部”、“长办505”、“长江委三峡勘测研究院”等名称，为长江水利水电建设事业和行业技术进步做出了巨大贡献。2002年3月，根据国家关于勘测设计单位改企建制的政策要求，由原事业性质的单位改为科技型企业。2005年12月，注册为“长江三峡勘测研究院有限公司（武汉）”。
