鹤山市环境保护局设6个内设机构：

（一）鹤山市环境保护局办公室

负责文电、会务、机要、档案、保密、政务公开、信息、督查督办、局机关安全保卫工作；负责局机关及直属单位财务、国有资产管理工作；负责局机关及直属单位后勤服务工作；负责局工、青、妇工作；负责机关和直属单位的纪检、监察和党群工作；负责局机关和直属单位的人事管理、机构编制、劳动工资、外事等工作；负责局机关和直属单位的离退休人员服务等工作。

（二）鹤山市环境保护局法规与宣教股

组织实施环境保护法律、法规、规章、标准和政策；承担机关有关规范性文件的合法性审核工作；审查环保行政处罚，制作处罚文书；承担有关行政听证、行政复议、行政应诉工作；组织和协调环境保护宣传教育工作；承办局新闻审核和发布工作；负责环境科技对外交流与合作；负责企业守法证明工作；组织开展“绿色学校”、“绿色社区”创建活动，推动公众和非政府组织参与环境保护；组织办理人大、政协议案、提案、建议等工作。（三）鹤山市环境保护局污染控制股

监督管理全市大气、噪声、光、恶臭、固体废物、化学品以及机动车的污染防治；监督管理全市水污染防治和水环境保护工作；监督饮用水水源地环境保护工作；参与反生化恐怖袭击工作。

综合管理全市自然生态环境保护和农村环境保护；组织开展全市生态状况评估和生物多样性保护、生物遗传资源、农村生态环境保护工作；指导生态示范创建及农村环境综合整治工作。

负责核事故预防和应急日常事务的组织协调工作，组织制定并实施本市核应急预案，组织审查本市核应急单位核事故预防和应急方案并监督检查落实，组织本市核事故应急演习和应急工作人员培训，负责公众核辐射安全方面的宣传教育工作；承担市民用核设施事故预防和应急管理委员会办公室的日常工作；监督管理辐射环境及核技术应用中的污染防治工作；承担权限内涉源单位辐射安全许可证的初审及放射性同位素的转让、转移的初审和备案工作；承担权限内核技术应用、电磁辐射、伴生放射性矿物资源开发利用项目日常监管工作；协助国家、省、市对民用核设施等辐射事故进行调查和处理；参与反核与辐射恐怖袭击等工作。

组织环境保护责任考核；承担市水环境综合整治工作领导小组办公室的日常工作；调查评估全市环境质量状况并进行预测预警。

（四）鹤山市环境保护局总量控制股

拟订全市主要污染物排放总量控制和排污许可证制度并组织实施；提出总量控制计划，承担总量减排的调度、督查、督办、核查及考核工作；组织拟订并实施全市污染减排计划；组织实施环境统计和污染源普查等工作。

（五）鹤山市环境保护局环境影响评价管理股

承担权限内的规划环境影响评价、政策环境影响评价、项目环境影响评价管理工作；承担权限内核技术应用、电磁辐射、伴生放射性矿物资源开发利用项目环评文件初审工作；承担暂停审批除污染减排和生态恢复项目外所有建设项目的环境影响评价文件的工作。

组织编制环境功能区划、环境保护规划；组织编制生态保护规划；审核环境保护专项规划；会同有关部门组织开展强制性清洁生产审核工作；参与指导和推动环境保护产业发展等工作。

（六）鹤山市环境保护局环境监察分局

指导、监督、协调全市环境保护综合行政执法工作；协调处理辖区内的环境污染事故和纠纷；组织实施建设项目环境保护“三同时”、试生产、竣工验收等工作；承担权限内核技术应用、电磁辐射、伴生放射性矿物资源开发利用项目竣工验收初审工作；监督检查污染治理设施运行情况以及限期治理项目任务完成情况；组织实施排污申报登记；负责全市排污申报核定以及排污费征收管理工作并进行稽查；承办重大环境信访案件的调查处理；实施行政处罚；防治污染设施的拆除或闲置许可，城市噪声敏感建筑物集中区域内夜间连续施工作业的审批，排放污染物许可证的发放等工作。