最高权力机构
中国海洋工程咨询协会的最高权力机构是会员代表大会。会员代表大会的职权是：
（一） 制定和修改章程、会员管理办法；
（二） 选举和罢免理事；
（三） 审议理事会的工作报告和财务报告；
（四） 制订和修改会费标准；
（五） 决定协会的终止或其他重大事项。
执行机构
中国海洋工程咨询协会设立理事会，理事会是会员代表大会的执行机构，在闭会期间领导协会开展工作，对会员代表大会负责。理事会的职责是：
（一） 执行会员代表大会的决议；
（二） 选举或罢免常务理事、会长、副会长、秘书长；
（三） 决定名誉职务的设立和人选；
（四） 筹备召开会员代表大会；
（五） 向会员代表大会报告工作和财务情况；
（六） 决定会员的吸收和除名；
（七） 决定设立分支机构、代表机构、办事机构和实体机构；
（八） 决定副秘书长、各机构主要负责人的聘任；
（九） 领导协会各机构开展工作；
（十） 制订协会有关内部管理制度；
（十一） 决定协会其他重要事项。
分支结构
据2018年6月中国海洋工程咨询协会官网显示，协会下设13个分会。
| 海洋装备分会 |
海洋资源开发分会 |
海洋可再生能源分会 |
| 环境生态专业委员会 |
海岸科学与工程分会 |
海底勘查与开发分会 |
| 海洋卫星工程分会 |
海洋预报减灾分会 |
海洋工程信息统计专业委员会 |
| 深海技术与工程分会 |
海洋教育培训分会 |
海洋生态环境监测分会 |
| 海洋工程环境研究与咨询分会 |
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据2018年6月中国海洋工程咨询协会官网显示，协会有会员单位近千家。
中国海洋工程咨询协会会员为单位会员和个人会员。
入会和退会
1、入会条件：
（一） 自愿加入，承认和遵守协会章程以及有关规定，积极参与和支持协会活动。
（二） 从事海洋政策、法规、规划、区划和标准研究、海洋资源开发、海洋工程建设咨询以及其他相关业务的单位、个人。
2、入会程序：
（一） 提交入会申请书及相关证明材料；
（二） 由协会秘书处受理审核后报理事会或常务理事会决定；
（三） 经批准后，填写会员登记表并交纳会费，颁发会员证。
3、退会
会员退会应书面通知协会，并交回会员证。会员超过一年不交纳会费或不履行义务的，视为自动退会。
会员如未履行义务，协会有权视情节轻重予以警告、内部通报、公开谴责；会员严重违背协会章程、会员行为准则和职业道德的，经协会理事会或常务理事会批准后予以除名。
权利和义务
1、会员权利：
（一） 享有协会的选举权、被选举权和表决权；
（二） 参加协会组织的各项活动；
（三） 享有协会提供服务的优先权；
（四） 享有对协会工作的批评建议权和监督权；
（五） 入会自愿，退会自由；
（六） 有申诉权。
2、会员义务：
（一） 遵守国家法律法规、协会章程和会员守则，执行协会决议，维护协会信誉和合法权益；
（二） 自觉交纳会费；
（三） 接受协会的组织协调和监督指导，完成协会交办的有关工作；
（四） 根据协会规定，及时提供会员执业的有关信息和资料。
（五） 宣传协会宗旨，关心协会建设与发展，并提出建议。
业务范围
（一） 开展海洋战略及重大海洋问题研究，为国家海洋事业发展和重大海洋事务管理决策提供咨询服务，提出对策建议。
（二） 组织举办高层论坛、研讨会、展示会等活动，研究问题，探讨发展，交流经验，展示成果。
（三） 参与海洋相关法律、政策、规划、制度和海洋咨询行业技术标准的研究制定工作，并组织贯彻实施。
（四） 经国家有关部门批准或委托，承担以下任务：
1、海洋行业单位资质、个人执业执照（包括注册海洋工程师认定和海洋类职业技能鉴定）的培训考试、认证注册、考核年检及相关管理工作；
2、重大海洋工程项目的咨询评估，为有关管理部门审批决策提供咨询评估意见；
3、海洋咨询行业优秀成果及海洋类科技成果的鉴定、评审、评奖；
4、海洋类技术职称的评审工作和两院院士候选人的推荐工作。
（五） 组织会员制订海洋咨询行业职业道德准则，建立自律机制，倡导诚实守信，规范海洋咨询行业市场秩序。
（六） 组织会员出国考察和参加国际交流活动，学习先进技术，吸收先进管理理念，加强国际合作，拓展海外业务。
（七） 组织会员举办业务培训活动，扩展专业知识，强化业务素质，提高从业水准，改善咨询质量，表彰成就显著的会员和协会工作人员。
（八） 构建中国海洋工程咨询协会网站网络，编辑出版该行业学术刊物（包括音像制品），集聚海洋咨询优势资源，互享信息，交流经验，磋商工作，密切合作，共同发展。
（九） 构建政府与会员、会员与会员之间的桥梁，畅通会员诉求渠道，反映会员正当要求，协调会员纠纷矛盾，维护会员合法权益，推进和谐社会建设。
（十） 接受国家有关部门委托，承担海洋行业单位资质和注册海洋工程师认定管理的相关工作。
（十一） 承担国家有关部门、有关组织和会员委托的其他任务。
经费来源
（一） 会费；
（二） 政府及有关方面的资助；
（三） 捐赠；
（四） 在核准的业务范围内开展活动或服务的收入；
（五） 利息；
（六） 其他合法收入。
