根据上述职责临河交通运输局设7个内设机构：
（一）办公室。负责机关日常运转，承担综合性文稿起草、会务、机要、保密、信访、政务督办、机构编制、人事管理、培训教育、工资社保、年度考核、出国（境）管理，组织协调信息公开等工作；负责行业新闻宣传和信息化建设；指导所属单位人事教育工作；指导行业人才队伍建设；协调机关后勤工作。
（二）法制股。组织政策调查研究，承担交通运输行业改革相关工作；负责全区公路水路行业依法行政、承担法制教育宣传工作；承担规范性文件合法性审查、市场公平性竞争审查、行政复议、行政应诉等工作；协调信用体系建设；负责全区公路水路行业行政执法的组织协调及监督指导，拟定相关制度和标准并监督实施；指导全区公路、水路行业执法队伍建设和执法人员管理，协调基层站所建设；负责双随机检查和执法评议等工作；负责重大案件调查处理和综治维稳等工作。
（三）公路股。拟定全区公路水路相关规划并组织实施；参与拟定综合交通运输发展规划，参与拟定物流发展规划和相关公共交通发展规划；提出相关固定资产投资、公路养护投资规模和方向建议；提出相关固定资产投资补助资金、公路养护补助资金及其他交通事业专项资金分配使用建议；提出政府和社会资本合作项目建议；提出相关项目工程可行性研究报告的行业审查意见；协调公路水路行业环保节能、污染防治等工作；承担统计分析工作；按规定权限负责公路水路建设项目的设计审批、施工许可、工程造价、招标投标和竣工验收工作；按规定权限负责公路建设和涉路施工行政许可、行政确认、行政奖励、行政备案和行政裁定等申请事项的办理；负责大、中修养护工程的开展并审核工程预算。
（四）工程建设质量安全监督管理站。负责公路水路建设质量安全监督管理工作，拟定相关制度并监督实施；按规定权限负责公路水路建设项目的质量监督和安全监管；负责建设项目工程质量安全监督检查和工程计量、变更审验；负责工程中间交工验收审核和编制工程决算工作；负责工程进度的统计上报和施工期间工程资料管理；负责督促检查监理工作；负责养护工程的质量安全检查验收和计量变更审查；牵头协调行业科技创新和推广工作，协调重大科技项目研究、科技成果转化和推广应用；负责标准化管理工作；负责工程验证性试验检测及工程质量指标的数据采集工作。
（五）交通运输（海事）管理股。负责全区道路水路运输市场管理工作，组织拟订相关制度和标准并监督实施；负责全区道路旅客运输和辖区内河通航水域航道通航条件影响评价管理；监督指导道路、水路旅客运输、货物运输、客货运输站场经营、机动车维修、营运车辆综合性能检测、出租汽车、汽车租赁、网约车等城市客运管理；承担公路统筹调度、抢险救灾工作，组织协调重点物资、紧急客货运输；按规定权限负责道路水路运输行业行政许可、行政确认、行政奖励、行政备案和行政裁定等申请事项的办理，管理全区超限运输相关事项；监督指导全区公路水路运输行业安全生产和应急管理工作；贯彻执行国家国防交通工作的方针、政策和法律法规、规章，拟定全区有关国防交通工作的规定；组织规划国防交通网路布局，拟制国防交通建设规划、计划，会同军队有关部门对交通工程设施建设提出贯彻国防要求的建议，参加有关国防交通工程设施的勘察、设计、鉴（审）定和竣工验收；组织拟订国防交通保障计划；负责重大军事行动和其他紧急任务组织交通保障；负责民用运力国防动员准备与实施；负责储备、调运国防交通物资；协调处理国防交通有关问题。指导航道、港口、码头养护，负责船舶登记、检验和船员管理。负责水上交通安全监督管理，指导辖区内河通航水域水上交通管制、通信导航、救助打捞等工作；负责渔船检验和监督管理。
（六）财务审计股。负责制定系统内部相关财务管理制度并监督实施；参与拟订公路水路建设投融资措施办法、项目资金筹措及计划分配建议工作；承担局机关日常财务工作，指导局属单位财务工作；承担机关年度预算编制和局属单位预算书的汇总、审核、上报工作；承担区本级专项资金的申请、拨付、使用和监督管理工作；承担政府采购、受委托管理和政府投资形成的国有资产监督管理相关工作；承担局本级政府性债务统计、填报和风险防范化解相关工作。组织实施对交通行业国有资产保值增值、重大财务收支和经济效益的审计监督；组织实施对区交通建设项目以及交通专项资金征收、使用及管理情况的审计或审计调查；协调相关部门对所属单位领导干部进行经济责任审计和离任审计；对所属单位的财务预算、决算执行情况进行审计监督；组织实施交通行业内部审计工作。
（七）乡村道路考核办。贯彻执行公路养护方针、政策和养护技术规范，负责公路养护监督管理，检查、考核养护生产工作，搞好路况、质量评定；检查公路水毁、雪阻等公路抢险工作；按技术规范要求考核全区乡村道路养护；编制公路养护考核办法，制定考评依据，考评方案、细则；填报、统计、汇总农村公路养护结果，分析路况成因，及时与养护单位沟通提出创新性养护管理考核意见；
机关党委。负责机关和所属单位的党群工作，负责离退休干部工作；负责机关和所属单位纪检、干部监督工作。
