(一)办公室。负责机关日常运转,拟订机关的各项工作规章和制度,承担文秘、信息、安全、保密、信访、督办、政务公开、新闻宣传、舆情应对等工作,承担财务、政府采购、国有资产管理、行政后勤等工作,承担重要文稿的起草和审核有关工作,负责重大事项报告工作,联系特约审计员。
(二)法规计划处。承担审计地方性法规和市政府规章草案的起草工作,参与起草财政经济相关地方性法规草案工作,承担机关有关规范性文件的合法性审核工作,承担机关行政复议、行政应诉等工作,协调推进依法行政工作,拟订年度审计项目计划及组织实施,对审计工作相关重要问题进行研究,组织研究解决审计重大突发事项,负责审计成果统计、整理研究和综合利用,向社会公布审计结果,组织开展全市审计领域的对外交流与合作。
(三)审理处。负责审计业务事项的审理和审计整改的监督工作,监督检查下级审计机关的审计业务质量,纠正或责成纠正下级审计机关违反国家规定作出的审计决定,负责对重大违纪违法问题线索的移送协调。
(四)电子数据审计处。组织开展审计业务电子数据的采集、验收、整理和综合分析利用,组织对有关部门和国有企业事业单位网络安全、电子政务工程和信息化项目以及信息系统的审计,统筹规划全市审计机关信息化建设工作。
(五)财政审计一处。组织审计国家和省、市有关重大政策措施贯彻落实情况,组织审计市级预算执行情况、决算草案和其他财政收支。
(六)财政审计二处。组织审计区市县(开放先导区)级政府预算执行情况、决算草案和其他财政收支,市财政转移支付资金,按照上级审计机关规定组织审计市税务系统的税收征管、非税收入和财政财务收支。
(七)行政政法审计处。组织审计市政府行政政法部门及其所属单位、区市县(开放先导区)级行政政法部门财务收支及相关专项资金,组织审计市驻外非经营性机构的财务收支。
(八)教科文卫审计处。组织审计市政府教科文卫相关部门及所属单位财务收支、区市县(开放先导区)级政府管理的教科文卫专项资金。
(九)农业农村审计处。组织审计市政府农业相关部门及所属单位财务收支,组织审计农业农村、扶贫开发以及其他相关公共资金和建设项目。
(十)自然资源和生态环境审计处。组织开展领导干部自然资源资产离任审计以及自然资源管理、污染防治和生态保护与修复情况审计。
(十一)固定资产投资审计一处。负责组织、协调、管理对市政府投资和以市政府投资为主的建设项目实施工程造价、工程成本、工程结算和竣工决算审计。
(十二)固定资产投资审计二处。组织对政府投资较大以及其他关系国家利益和公共利益的在建重大公共工程项目实行跟踪审计。
(十三)企业审计处。组织审计市属国有及市政府规定的市国有资本占控股或主导地位企业的资产、负债和损益以及财务收支。
(十四)社会保障审计处。组织审计市政府相关部门及所属单位财务收支、组织审计市政府相关部门、区市县(开放先导区)级政府管理和其他单位受市政府及其部门委托管理的社会保障基金、社会捐赠资金以及其他有关基金、资金的财务收支。
(十五)金融与涉外审计处。组织审计市属国有及市政府规定的市国有资本占控股或主导地位的金融机构的资产、负债和损益以及财务收支,组织审计市属国有及市政府规定的市国有资本占控股或主导地位企业和金融机构的境外国有资产投资、运营和管理情况,组织审计市驻境外非经营性机构的财务收支。根据审计署、省审计厅授权组织审计国际组织和外国政府援助、贷款项目。
(十六)经济责任审计一处。起草经济责任审计地方性法规草案和市政府规章,编制全市经济责任审计工作计划,做好工作成果统计及综合分析工作,起草经济责任审计作业规程和编写审计简报等,组织经济责任相关审计工作,承担市经济责任审计工作联席会议日常工作。
(十七)经济责任审计二处。组织对党政机关、事业单位主要领导干部、市属国有及市政府规定的市国有资本占控股或主导地位的企业事业单位主要领导人员、区市县(开放先导区)级审计机关主要负责人以及其他单位主要负责人的经济责任审计。
(十八)内部审计指导监督处。推动建立健全内部审计制度,对内部审计机构进行业务指导,监督内部审计职责履行情况,检查内部审计业务质量,组织协调对社会审计机构出具的相关审计报告的核查,组织对市审计局预算执行情况、决算草案和其他财政收支的审计。
(十九)机关党委办公室(人事处)。负责机关的党群、纪检、干部人事、机构编制、劳动工资、教育培训、队伍建设和审计专业技术职称考评等工作,负责机关离退休干部工作,负责协管区市县(开放先导区)级审计机关负责人的有关事项。
机关党委办公室与人事处合署办公。