根据上述职责，市交通运输局设7个内设机构。

办公室。负责文电、会务、机要、档案、后勤、接待等机关日常运转工作；承担信息、安全、保密、信访、政务公开、公共机构节能、绩效考评等工作；拟订单位内部管理制度。

（二）综合运输科。

组织编制综合运输体系规划，承担有关协调工作；监督实施公路运输、水路运输、城市公共交通、航道管理等相关政策、制度和标准；负责交通运输行业安全生产监督管理工作；负责公路运输、水路运输行业监管，负责车辆维修、营运车辆综合性能检测、机动车驾驶员培训机构和驾驶员培训管理工作；承担公共汽车和出租汽车等客运管理工作；组织协调交通运输科技项目研究工作，以及新科技成果转化和推广应用工作；负责行业节能减排工作；依法组织协调或参与有关应急处置及事故调查处理工作；指导全市交通运输灾害预防及公路、水路工程抢险救灾工作；负责有关安全生产、应急信息统计、分析等工作。

（三）法规科（行政审批办公室）。

指导交通行业法制工作；组织开展交通运输政策研究；承担机关有关规范性文件的合法性审核和重大决策法律咨询工作；承办相关行政复议、行政诉讼等法律事务；指导、监督公路、水路运输行业有关行政执法工作；依法负责交通运输行政执法人员交通行政执法证件和地方行政执法证件的申领工作；管理市政务服务中心交通窗口，牵头负责行政审批工作。

（四）规划建设科。

组织拟订我市交通行业发展战略和规划；负责提出全市公路、水路固定资产投资规模和方向，按规定权限审批、核准固定资产投资建设计划；负责相关规划和建设项目的行业审核和后评价工作，负责交通建设项目的前期工作；负责交通基础设施建设投资计划编制，并承担建设、管理和维护工作；执行行业利用外资管理有关规定；承担公路、水路工程建设市场监督管理工作，指导建立健全公路、水路工程建设资格准入机制及市场信用管理体系；依法审查、审批公路、水路建设项目设计文件、施工许可和备案；负责公路、水路建设工程招投标活动；负责公路、水路建设工程质量监督管理工作；负责组织公路、水路工程重大技术方案审查，组织交通工程竣工验收工作。

（五）财务审计科。

参与拟订公路、水路行业有关投融资政策；负责拟订公路、水路行业财务、会计、专项资金、非税收入、收费等管理制度并监督实施；负责部门预算的组织编制、执行和管理工作；负责收费公路的行业管理工作；负责机关、直属单位国有资产的监督；参与拟订行业有关运价及收费标准并实施监督检查；负责公路、水路基础设施建设资金管理工作；负责行业内部审计业务工作；组织实施对交通运输行业国有资产保值、重大财务收支和经济效益、政府投资的交通建设项目以及自治区交通专项资金使用、管理情况的审计或审计调查；负责外部审计的协调配合工作。

（六）人事科。

负责局机关和直属单位的人事、劳资、机构编制管理工作；负责机关离退休人员工作和指导直属单位离退休人员工作；负责交通运输行业职工教育和职工培训工作；负责组织实施交通运输行业资格制度的相关工作；负责本系统的计生和妇女工作。

（七）监察室。

为市监察机关派驻机构，负责监察工作。