根据上述职责，市交通运输局设7个内设机构。

(一)办公室

组织协调局机关工作，起草重要报告、综合性文件，承办局召开会议的组织工作；承办文秘、政务信息、督查、新闻宣传、机要、保密、接待、年鉴、信访、档案和值班工作；负责办公自动化管理工作；负责各县市交通运输目标责任制考核；负责局机关后勤行政管理工作；负责提案、议案的办理工作。

(二)人事法规科

负责局属单位领导班子的建设和管理工作；承办局机关及局属单位的组织人事、劳动工资、体制、机构编制等工作；承办劳动用工、社会保险和职工福利等工作；承办局机关及局属单位技术职称评聘和职业技能鉴定工作；负责局机关及局属单位职工教育、职工培训；承办局机关外事工作；承担业务主管社会团体相关事务；指导全市交通运输人才队伍建设工作；负责局机关及局属单位离退休人员的联络协调工作；负责局机关和局属单位及人员的年度责任制考核；研究提出全市交通运输行业发展政策、体制改革与结构调整方案并组织实施；承办交通运输规范性文件的合法性审核工作；负责交通法制宣传教育；指导全市交通运输行业法制建设；承办相关行政执法、行政复议、行政应诉和行政赔偿工作；负责交通运输行业行政执法行为监督；负责交通运输行业行政执法人员的培训、行政执法证件资格审查、执法文书、执法车辆及服装的监督管理工作。负责交通运输职业技术教育管理和交通职业技术培训工作；承担有关标准、质量和计量工作；开展交通科技开发、成果推广、对外技术合作和交流工作；承担设计综合运输体系的标准协调工作。

(三)综合规划科

组织编制全市综合运输体系规划和发展战略，承担有关协调工作；组织起草公路、水路行业规划、中长期发展规划和专项规划；参与拟订物流业发展战略和规划，提出有关政策和标准；承担有关规划和建设项目可行性研究前期工作审核；提出我市交通运输有关专项资金投资政策、资金安排建议和预算，并监督实施；承担本行业招商引资工作；负责和指导交通行业统计、信息工作；指导交通运输枢纽和场站规划。组织拟定交通运输行业科学技术、教育、信息化、环境保护、节能减排政策和交通基础设施建设、维护技术规范、规程并监督实施；编制交通运输行业科技、技术改造、技术培训中长期发展规划和年度计划。

(四)财务收费管理科

拟订全市交通运输行业财务会计、国有资产和专项资金管理制度并组织实施；负责交通运输发展资金的筹集、管理和使用；负责专项资金、决算、政府采购、外汇、信贷以及利用外资等有关财务工作；起草公路、水路有关规费政策并监督实施，负责收费公路有关管理工作；负责对局属企事业单位国有资产的监督管理；指导全市交通行业的财务会计工作。

(五)建设管理科

组织拟订交通基础设施建设、维护相关政策、制度并监督实施；承担公路、水路建设市场监管工作，维护公路、水路建设市场的平等竞争秩序；承担公路、水路工程设计审批、施工许可、工程造价、质量监督、竣工验收；指导公路、水路交通安全设施建设工作；参与公路、水路年度计划和中长期发展规划的拟订工作；参与质量安全事故调查工作；指导农村公路建设工作。

(六)安全综合运输科

拟定并监督实施公路、水路安全生产计划和应急预案，指导全市交通运输行业安全生产和应急处置体系建设，承担交通基础设施建设和公路、水路运输企业安全生产的监督管理工作，负责危险化学品道路水路运输安全监督管理工作，依法组织或参与有关事故调查处理工作，组织协调国家重点物资紧急运输、客货运输和救灾、抢险物资的运输；指导全市交通防汛、防疫、防震、消防工作；协调全市突发公共事件的交通运输保障工作；参与拟订全市综合运输体系发展战略和规划，承担综合运输体系建设与发展的协调工作；承担全市道路(含城市公交客运、出租)和水路运输市场监管，指导全市道路、水路运政管理工作，拟订相关政策、制度和标准并监督实施；组织拟定全市交通运输行业治理超限超载工作计划、制度并监督实施。

(七)审计科

指导全市交通运输行业内部审计工作，承担局属企事业单位的财务收支、预算内外资金、固定资产投资项目、交通收费、交通基础设施建设资金使用等行业内部审计工作，负责外部审计的协调配合及审计成果的应用工作。