根据以上职责，区交通局设5个职能股（室）：

（一）办公室（法制股）

组织协调局机关日常工作；起草重要报告和综合性文件，负责有关重要会议的组织；负责文秘、综合调研、政务信息、督办、机要、保密、信访、档案、机关办公自动化建设与管理；负责协调交通突发事件应急管理工作；负责局机关的后勤接待工作。

负责宣传、贯彻国家有关交通法规、政策；负责本局行政审批的统一受理和送达，负责行政复议和行政应诉工作；承担本局规范性文件的合法性审查和管理工作；负责行政执法的监督管理和重大交通行政处罚的备案审查工作；负责政务公开和推进本局的依法行政工作。

（三）人事股

负责机关和直属单位的人事、劳动工资、机构编制、人事档案、职工养老和医疗保险、交通行业技术工种职业技能审查、等级考核等工作；协助有关部门组织、指导交通专业技术人员职务评聘和人才交流、智力引进工作；负责指导交通行业的思想政治工作；负责全区交通系统成人教育、职业技术教育和继续教育；组织拟定交通科技、教育发展、规划和计划；归口管理交通行业的标准、计量和科技信息工作；负责局机关退休人员管理服务工作，指导直属单位的退休人员管理服务工作。

（三）计划财务股（基本建设股）

组织拟定公路、水路交通行业发展规划、中长期计划和年度计划；参与拟定物流业（含站场）发展战略和规划，拟订有关政策，并监督实施。负责交通建设项目的预可、工可和初步设计审批、审查报批及后期评估工作；负责公路水毁补助经费的核定、交通行业统计、预测、信息引导、交通扶贫工作；负责全区公路、水路交通基础设施建设的管理和监督工作。

负责指导、监督全区交通行业的财务会计工作；组织制订有关规章制度并监督执行；负责局机关和直属单位国有资产管理工作；负责交通基本建设资金、预算外资金的管理和贷款、税收与利用外资等投、融资管理工作。

负责全区公路、水路交通基础设施建设的管理与监督；组织拟订公路、水路交通基础设施建设行业政策和技术标准；负责管理和监督全区公路、水路交通基础设施市场，维护平等竞争秩序；负责对公路、水路交通建设工程招标实施管理与监督；负责组织管理区管公路工程和汽车站（场）、航道（含港口码头）工程项目建设，指导和管理农村公路建设；监督管理公路、水路建设工程质量和定额造价，交（竣）工验收工作。

（四）安全监督股（运输管理股）

负责全区交通运输安全和交通专业企业安全生产的监督管理工作；组织实施安全生产有关法律和规章，拟订有关法规和规章的具体实施办法，参与交通系统重、特大恶性事故的调查处理工作。

负责全区公路、水路运输的宏观管理及站场、港口、码头、车船修造、搬运装卸、运输服务市场的行业管理；指导交通运输企业的产业结构、产品结构、运输结构调整工作；负责组织重点物资运输和交通通讯网的建设与管理工作；归口管理联营联运工作；按规定承担物流市场有关管理工作；指导全区交通运输行业节能减排工作。机关党组织、纪检监察、群团机构按有关规定设置。