目前,市审计局在职人员58人。有市委审计委员会办公室秘书科、办公室、法制科、电子数据审计科、财政金融审计科、行政事业审计科、农业与农村审计科、固定资产投资审计科、自然资源和生态环境审计科、企业与外资审计科、经济责任审计室、重大项目与政策跟踪审计科、计划统计科、审计执行科、人事科、内部审计指导科、机关党委等17科室及1个二级机构——怀化市建设项目审计中心。
(一)办公室
负责文电、机要、档案等局机关日常工作;承担局机关保卫、保密、信访、宣传、计划生育、综合治理、医保、养老保险、住房公积金等工作;协调局机关政务公开工作;负责局务会、局长办公会的会务工作;负责局机关的财务工作，管理审计事业经费，对局机关及所属单位的财务收支进行审计监督;负责本局机关目标管理考核;负责局机关党群工作和工会工作。
(二)法制科
办理省审计厅、市人大、市人民政府有关立法征求意见的相关工作;承担局机关规范性文件的合法性审查和“三统一”工作;承办局机关行政复议、应诉和其他法律性事务，指导全市审计机关的行政复议和应诉工作;组织实施审计项目质量检查，加强审计业务内部监督;会同办理重大审计质量问题的调查处理工作，提出审计质量责任追究意见;负责局机关政务公开工作;核查社会审计机构对依法属于审计监督对象的单位出具的相关审计报告的质量;负责人大代表建议、政协委员提案办理的有关工作。负责审计项目的审理工作;参与审计业务科室征求被审计单位意见的有关会议;负责对审计业务科室移交的审计资料在事实、证据、定性、审计处理处罚、审计程序、审计评价、审计建议等方面进行审理并提出书面审理意见;负责审计业务会议的会务工作;负责草拟审计报告以外的其他审计结论性文书;指导全市审计机关的审计复核和审理工作;承担审计执行事项数据库的建设及维护工作;负责审计结论性法律文书的送达和审计决定的执行;负责审计移送处理事项和审计建议事项以及自行纠正事项的跟踪落实;负责检查督促落实被审计单位对审计查出问题的整改;负责办理申请法院强制执行事项;负责审计执行情况的统计分析，研究和协调审计执行的相关问题;指导全市审计机关的审计执行工作;负责依法行政考核评议工作，制定行政检查计划并监督实施。
(三)人事科
负责办理局机关及其直属单位的机构编制、干部任免、人员调配、工资福利、考核奖惩、教育培训、专业技术职称考评和人事档案管理等有关工作;负责本局政府绩效评估和县(市、区)审计机关目标管理考核以及全市性的表彰工作;协管县(市、区)审计机关正职和副职负责人的任免事项;组织、指导全市审计系统的人才队伍建设规划、教育培训和精神文明建设;负责局党组会议的会务、记录和会议纪要的整理工作;负责与民主党派的联系以及特约审计员的聘请联络工作。负责办理局机关及其直属单位聘用人员招聘招考、工资福利和对聘用人员的考核工作;负责扶贫、双联的协调、联络工作。
(四)综合计划科
负责建立局辖被审计对象的基本情况数据库;负责对审计对象进行必审性及可行性调研和论证;负责制定、调整、下达中长期和年度审计计划，组织检查年度审计计划完成情况，对计划执行情况进行定期分析;负责办理授权审计计划并检查完成情况;负责全市审计统计工作并对统计数据进行定期分析研究;负责审计成本管理和审计项目招标工作;负责综合调研及综合性材料起草工作;负责审计信息、简报编发工作。
(五)财政金融审计科
组织审计市本级预算执行、其他财政收支情况;组织审计县(市、区)人民政府预算执行、决算、其他财政收支情况;组织开展相关专项审计调查;组织全市财、税、银系统行业审计或专项审计调查;组织审计市人民政府主管部门、县(市、区)人民政府管理和其他单位受市人民政府及其部门委托管理的社会保障基金、社会捐赠资金;组织开展相关专项审计调查;按照审计署的授权，组织审计中央国有金融机构和中央国有资本占控股或主导地位金融机构的资产、负债和损益;组织审计地方金融机构及其直属单位资产、负债和损益;对市人民政府及有关部门批准发行的证券进行审计监督;组织开展相关专项审计调查;指导全市的财政财税、社会保障、金融审计业务。
(六)行政事业审计科
负责审计与市级财政有拨缴款关系的市委机关、市人大机关、市政府机关、市政协机关、市法院机关、市检察院机关及其下属单位的财政财务收支;负责审计分工范围内的市委、市政府有关部门及其下属单位的财政财务收支;组织全市行政专项审计或审计调查;负责审计与市级财政有拨缴款关系的文化、教育、卫生、科技、体育等部门及其下属单位的财政财务收支;组织审计范围内的专项审计或审计调查;负责审计与市级财政有拨缴款关系的直属事业单位、民主党派、社会团体及其下属单位的财政财务收支;组织全市事业专项审计或审计调查，指导全市的行政政法、事业审计业务。
(七)经贸与外资运用审计科
负责对市属国有企业或市政府规定的国有资产占控股地位或主导地位的工业、交通运输、出版、物流等企业及其下属单位的资产、负债、损益及财务收支审计和绩效审计。负责对市属国有企业或市政府规定的国有资产占控股地位或主导地位的商业、医药、进出口、电子信息、粮食、物资、施工等企业及其下属单位的资产、负债、损益及财务收支审计和绩效审计;负责市政府交办的专项工作;组织审计范围内的专项审计或审计调查，指导分工范围内的全市经贸审计业务。负责对市属国有企业或市政府规定的国有资产占控股地位或主导地位的煤炭、地质、化工、轻工、军工、纺织、机械、核工业、地质矿产、冶金等企业及其下属单位的资产、负债、损益及财务收支审计和绩效审计。按照省审计厅的授权，组织全市审计机关完成国际组织和外国政府贷款、援助和赠款项目的财务收支审计和绩效审计，组织全市利用外资专项审计或审计调查，指导分工范围内的全市经贸、外资运用审计业务。
(八)固定资产投资审计科
负责对市本级政府投资为主的国家建设项目和市重点工程项目的概预算执行、决算以及资金来源和资金使用情况进行审计监督;负责审计市本级政府投资为主的固定资产投资、施工企业的财务收支;负责核查社会中介机构出具的市本级政府融资投资为主的国家建设项目工程造价审计报告质量;负责组织、管理、监督社会中介机构和聘请专业人员参与市本级政府为主的国家建设项目的审计工作;组织全市政府投资为主的固定资产投资专项审计或审计调查，指导全市政府投资为主的固定资产投资审计业务。
(九)农业与资源环保审计科
负责对农办、农业、林业、水利、水库移民开发、扶贫开发、农业科学研究等市政府有关部门及其下属单位的财务收支的审计监督;负责审计由市政府主管部门管理和受市政府委托由社会团体管理以及县(市、区)政府管理的农林水利、扶贫开发资金的筹集、管理和使用情况;组织全市农业专项审计或审计调查。负责对国土资源、环保、地质、地勘、安全监督等市政府有关部门及其下属单位的财务收支的审计监督;负责审计由市政府主管部门管理和受市政府委托由社会团体管理以及县(市、区)政府管理的资源环保资金的筹集、管理和使用情况;组织全市资源环保专项审计或审计调查，指导全市的农业、资源环保审计业务。
(十)审计技术科
指导全市审计系统计算机审计技术工作;配合局机关审计业务科室开展计算机审计技术服务;承担重大审计项目的计算机审计技术工作;指导和推广信息技术在全市审计系统的应用，承担全市审计机关实施管理系统和现场审计系统建设的有关工作，组织开展信息系统审计和联网审计;组织、协调、指导全市审计系统“金审工程”项目实施工作。
(十一)经济责任审计室
依据有关规定负责对市管党政领导干部的任期经济责任审计;起草全市经济责任审计工作情况综合报告;负责市经济责任审计工作领导小组办公室日常工作;参与市委、市政府“为民办实事”的检查和考核;指导全市党政领导干部任期经济责任审计业务。依据有关规定负责对市属事业单位负责人、高等院校负责人的任期经济责任审计和离任审计。依据有关规定负责市管国有或国有控股大中型企业、社会团体负责人的任期经济责任审计和离任审计。
机关党委负责局机关和直属单位的党群工作。
纪检(监察)机构按有关规定设置。
