计算机工程学院办学历史悠久，近四十年来学院始终坚持以应用型人才培养为中心的办学定位，立足江苏、面向全国，围绕我国信息化发展战略和南京市“国际级软件名城”建设对人才的需求，培养“德智体美劳”全面发展、理论基础和专业知识扎实、创新创业和工程实践能力强的高水平应用型人才。在“加强基础、强化应用、软硬结合、办出特色”的人才培养思想指导下，强调人才培养要实现“三个适应”，形成“三种能力”，即适应社会经济的需要，适应长江三角洲区域一体化发展的需要，适应信息技术快速发展的需要，形成较强的适应能力、竞争能力、自学和创新能力。目前学院设有计算机科学与技术、软件工程、网络工程、数字媒体技术、数据科学与大数据技术五个专业。其中计算机科学与技术专业是江苏省特色专业，江苏省“卓越工程师教育培养计划”首批试点专业；软件工程专业是全国“卓越工程师教育培养计划”首批试点专业，江苏省一流专业，校级重点建设专业；网络工程、数字媒体技术专业是校级重点建设专业培育点。由以上专业组成的计算机专业类已建成为江苏省高等学校重点专业类。