中物院研究生院每年招收硕士研究生160名，博士研究生141名，联合培养博士研究生共20名左右，在全国科研院所研究生招生规模中名列第四。截至2018年9月，在校生共计1078人，其中博士560人，硕士518人。
自1984年至今，中物院研究生院已为我国战略装备建设领域和高新技术装备领域等尖端科技领域输送了1528名硕士研究生和642名博士研究生，为中国重大装备建设事业持续健康发展提供了坚强的人才支撑。
在课程建设方面，依托北京大学、清华大学、复旦大学、中国科学技术大学、国防科技大学、北京航空航天大学、北京理工大学等几所国内重点高校等开展前期课程教学，由院高水平科研人员开设专业基础课和专业选修课，将课程开设与科研实践紧密结合 。
培养单位包含：
| 中国工程物理研究院流体物理研究所 |
中国工程物理研究院核物理与化学研究所 |
| 中国工程物理研究院化工材料研究所 |
中国工程物理研究院总体工程研究所 |
| 中国工程物理研究院电子工程研究所 |
中国工程物理研究院机械制造工艺研究所 |
| 中国工程物理研究院材料研究所 |
中国工程物理研究院激光聚变中心 |
| 中国工程物理研究院北京应用物理与计算数学研究所 |
中国工程物理研究院应用电子研究所 |
| 中国工程物理研究院上海激光等离子研究所 |
中国工程物理研究院计算机应用研究所 |
| 中国工程物理研究院成都科学技术发展中心 |
中国工程物理研究院北京高压科学研究中心 |
| 中国工程物理研究院北京计算科学研究中心 |
中国工程物理研究院研究生院 |
