根据上述职责，市交通运输局设11个内设机构：

（一）办公室

承担局机关文电、会务、接待、机要、档案等日常工作；承担局机关保密、督查、建议提案办理、政务公开、后勤服务等工作；承担管理交通系统计算机网络的工作；承担局机关固定资产管理工作。

（二）人事教育科

承担局机关及直属单位机构编制、干部人事、教育培训、考核奖惩、劳动工资、保险福利等工作；承办交通运输人员职业资格评价工作；协助有关部门组织、指导交通专业技术职务评审和智力引进工作；承办局机关及直属单位出国（境）人员政审及呈报工作；承担指导和管理全市交通运输教育的工作；承担局机关和指导直属单位离退休人员的管理、服务工作。

（三）财务审计科

承担局机关和指导、监督全市交通运输财务管理的工作；承担管理交通国有资产和交通投融资的工作；承担交通行政事业性收费审查报批和交通基础设施产权、公路收费权等各种交通资源质押、转让的审核工作；承担协调和监督检查交通规费征收的工作；承担组织协调和监督管理机动车路桥通行费年次票制的工作；承担交通运输专项资金的监督管理和直属单位内部审计工作。

（四）政策法规科（加挂行政审批科牌子）

承担交通运输有关规范性文件的合法性审核及报请审查工作；承担局机关法制宣传教育工作，指导交通运输法制工作；承担局系统行政复议、行政诉讼、国家赔偿的有关工作；承担公路、水路“三乱”（乱设卡、乱收费、乱罚款）治理工作；承担组织和协调交通行政审批的有关工作；承担指导交通运输有关体制改革的工作。

（五）规划科

组织拟订综合运输体系规划，并承担有关协调工作；拟订交通运输发展规划和道路、水路运输基础设施建设规划及运输线路、运力规划；承担组织协调邮政和铁路建设规划的工作；承担全市交通运输基础设施建设项目预可、工可和初步设计的审批、审核（审查报批）及后期评估工作；承办交通运输重点工程建设项目的前期工作；参与拟订全市物流业发展规划、有关政策和标准；拟订交通运输节能减排规划、信息化发展规划。

（六）计划基建科

组织拟订全市公路、水路交通运输年度计划；承担组织实施公路、水路交通运输基础设施建设政策和技术标准的工作；承担管理、监督全市公路、水路交通基础设施建设和工程招投标工作；承担交通建设项目资金拨付的审查和项目竣工验收工作；承担协调有关交通基础设施重点工程建设和管理的工作；承担交通扶贫的有关工作；承担监督管理公路、水路交通建设质量和定额、造价控制等有关工作；承担交通运输统计、预测和信息引导工作；承担归口管理公路、水路交通建设工程监理和公路与桥梁养护、港口与航道维护有关工作。

（七）农村公路建设科（加挂市农村公路建设领导小组办公室牌子）

承担综合全市农村公路建设情况信息的工作；研究农村公路建设中有关重大问题并提出意见和建议；承担组织开展有关技术研究和经验交流的工作；承担组织农村公路建设检查的工作；承担指导农村公路管理的工作。

（八）运输综合科

承担管理全市道路、水路客货运输和车船修造、搬运装卸、运输服务市场的工作；组织拟订交通科技发展政策、规划、计划；承担组织交通重大科技项目攻关和成果推广工作；承担指导和管理全市交通运输科学技术工作；承担归口管理交通运输的标准、计量和科技信息工作；承担审核交通运输业户和交通运输外资、合资企业资质的工作；承担协助管理运输及运输服务价格的工作；承担各种综合运输方式的综合衔接与协调工作；承担指导交通运输开展对外交流合作和交通运输外经外贸工作；承担指导全市交通运输环境保护和节能减排工作；承担协调有关物流市场管理的工作。

（九）城市交通科

拟订城区公共交通、轻轨客车等相关政策、制度和标准；承担实施城区公共交通、轻轨客车等发展规划的工作；承担监督管理城市客运市场的工作；承担城市客运站场等设施的规划、建设和管理工作；承担指导公共交通、轻轨交通运营的工作；承担城区公共客运资源的统一开发、利用和管理工作。

（十）出租车管理科

拟订城市出租汽车相关政策、制度和标准；承担实施城市出租汽车发展规划的工作；承担监督管理全市出租汽车企业和出租汽车驾驶员的资质和资格的工作；承担指导出租汽车、汽车租赁的工作；承担指导城市出租车非法营运治理的工作。

（十一）安全科

承担指导交通专业运输企业和全市水上交通安全监督管理工作；承担监督实施道路运输经营、水路运输、公路水路工程建设和已运营交通基础设施等安全生产政策的工作；承担协调全市交通运输安全管理的工作；承担组织或参与交通系统重特大恶性事故的调查处理工作；承担抢险救灾和突发事件应急处置工作；承担局机关和指导直属单位的信访、维稳、消防、安全工作。纪检（监察）机构和党群组织按有关规定和章程设置。