根据上述职责，州水利水产局设10个内设机构：

(一)办公室

负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担信息、保密、信访、政务公开、社会治安综合治理、新闻发布工作；组织指导全州水利信息化建设与管理工作。

(二)人事科

负责机关和所属单位的人事管理、机构编制、劳动工资、教育工作；负责水利体制改革的有关工作；协助做好机关及所属事业单位的党建、纪检监察、退休干部服务等工作。

(三)规划计划与财务科

拟订全州水利发展及战略规划，组织编制全州重大水利综合规划、专业规划和专项规划；审核州管和州重点水利水产建设项目建议书、可行性研究报告和初步设计；组织实施水工程建设项目合规性审查工作；拟订全州水利水产行业技术标准、规程规范并监督实施；组织实施重点水利水产科学研究、技术引进和科技推广；组织编制州水利部门预算；承担局机关并指导所属单位的财务管理工作；承担州水利资金和国有资产的监督管理工作；提出有关水利价格、收费、信贷的建议。

(四)水政水资源科

推进全州水利水产行业依法行政工作，组织起草有关规范性文件；研究拟订全州水利工作的政策；组织、指导全州水利行政许可工作并监督检查；承办局行政应诉、行政复议和行政赔偿工作；协调跨县市水事纠纷；指导水政监察和水行政执法；组织实施水资源取水许可、水资源有偿使用、水资源论证等制度；组织水资源调查、评价和监测工作；组织指导水量分配、水功能区划和水资源调度工作并监督实施；组织编制水资源保护规划；指导饮用水水源保护、城市供水的水源规划工作；指导城市污水处理回用等非传统水资源开发的工作；组织指导入河排污口设置工作；组织指导计划用水和节约用水工作。

(五)建设及水库管理科（州水利水电工程质量监督站）

负责水利工程建设及工程质量管理工作；承担全州水库管理工作，审批水库运行调度规程并监督实施，负责水库大坝注册登记、大坝安全鉴定和蓄水安全鉴定工作；组织实施水库除险加固工作。

(六)水土保持科

承担全州水土流失综合防治工作；组织编制水土保持规划并监督实施；负责水土流失监测、预报并公告；审核开发建设项目水土保持方案并监督实施。

(七)水利科

组织协调全州农田水利基本建设，组织指导农村节水灌溉、排水及雨洪资源利用等工程建设与管理；承担灌区归口管理工作；指导农村水利社会化服务体系建设；贯彻落实中央和省有关农村饮水安全的方针政策，归口管理全州农村饮水安全工程建设与管理工作；负责组织编制全州农村饮水安全工程建设与管理总体规划；组织编制农村饮水安全工程项目规划、可研报告和初步设计，拟订工程建设计划并组织实施；组织指导协调全州农村饮水安全工程建设工作。

(八)安全生产监督科

承担全州水利水产行业安全生产监督工作，指导水库、水电站大坝的安全监管，组织实施水利水产工程安全监督；组织开展州管水利水产工程建设项目的稽察工作；组织指导水利水产建设市场的监督管理和信用体系建设；对水库除险加固进行监督检查。

(九)农电科

负责全州水能资源开发利用和农村水电管理工作；负责水能资源调查评价工作，指导县市水能资源规划工作，编制全州流域水能资源开发规划；组织指导和实施水能资源开发项目技术审查、建设监管、调度运行管理；负责水电农村电气化、小水电代燃料和增效减排工程的规划编制、建设管理、验收等工作；指导水能资源开发项目质量和安全工作，参与重大事故调查。

(十)水产科

贯彻实施《渔业法》，负责全州渔业资源保护和开发利用；查处重大渔业纠纷案件和污染案件，维护渔业生产秩序，保障渔业生产经营者的合法权益；指导全州水生野生动物保护、繁殖及自然保护区规划、建设和管理；编制全州渔业发展中长期规划、年度指导计划，负责全州水产统计工作；指导全州水产科技普及和推广体系建设，负责全州渔业对外经济技术合作、交流和外援项目的引进和管理；指导塘堰、水库、河流等水面的综合开发利用。

州防汛抗旱指挥部办公室

负责州防汛抗旱指挥部日常工作；组织、协调、指导、监督全州防汛抗旱工作；组织实施重要水库、河流和重要水工程防汛抗旱调度和应急水量调度；编制州防汛抗旱应急预案并组织实施；负责全州水旱灾情发布，指导、监督重要水库、河流防汛演练和抗洪抢险工作；组织、协调、指导山洪等灾害防御工作、城市防洪工作以及蓄滞洪区安全建设、管理和运用补偿工作，负责洪泛区、蓄滞洪区和防洪保护区的洪水影响评价工作；指导水利突发公共事件的应急管理工作。

机关党组织、纪检监察机构、工会按有关规定设置。

(一)加强水资源的节约、保护和合理配置，保障城乡供水安全，促进水资源的可持续利用。加强防汛抗旱工作，减轻水旱灾害损失。

(二)取消拟订水利行业经济调节措施、指导水利行业多种经营工作的职责。

(三)取消已由州政府公布取消的行政审批事项。

(一)负责《中华人民共和国水法》、《中华人民共和国水土保持法》、《中华人民共和国防洪法》、《中华人民共和国渔业法》及《恩施土家族苗族自治州水土保持条例》等法律法规的贯彻实施和监督检查，推进全州水利水产行业依法行政工作，研究制定全州水利水产工作的方针政策和实施办法等，经批准后组织实施。

(二)负责保障全州水资源与水产资源的合理开发利用，拟订全州水利水产发展及战略规划和政策，组织编制全州重要河流的综合规划、专业规划等重大水利规划，指导县市水利规划工作。

(三)负责提出全州水利水产固定资产投资规模和方向，监督管理国家和省审批、核准的全州水利水产规划内和年度计划规模内固定资产投资项目，负责提出州级财政性资金的水利投资安排意见。

(四)负责全州生活、生产经营和生态环境用水的统筹兼顾和保障。实施水资源的统一监督管理，拟订全州和跨县市水资源中长期供求规划、水量分配方案并监督实施。组织开展水资源和水能资源调查评价工作，负责全州重要河流与重大调水工程的水资源调度。组织实施取水许可、水资源有偿使用制度和水资源论证、防洪论证制度。指导水利行业供水和乡镇供水工作。指导、组织、协调全州农村饮水安全工程建设与管理工作。

(五)负责全州水资源与水产资源保护工作，组织编制水资源与水产资源保护规划，组织拟订重要河流的水功能区划并监督实施，核定水域纳污能力，提出限制排污总量建议，指导饮用水水源保护工作，指导地下水开发利用和城市规划区地下水资源管理保护工作。

(六)负责防治水旱灾害，承担州防汛抗旱指挥部的具体工作。组织、协调、监督、指挥全州防汛抗旱工作，对重要水库、河流和跨县市水工程实施防汛抗旱调度和应急水量调度，编制恩施州防汛抗旱应急预案并组织实施。指导水利突发公共事件的应急管理工作。

(七)负责全州节约用水工作。拟订节约用水政策，编制节约用水规划，制定有关标准，指导和推动节水型社会建设工作。

(八)指导、组织全州水利设施、水域及其岸线的管理与保护，主管全州河道、水库水利工作，指导州内河流、水库的治理和开发，指导、组织水利工程建设与运行管理，组织实施具有控制性的或跨县市及跨流域的重要水利工程建设与运行管理，指导、监督全州河道采砂的统一管理工作。

(九)负责全州水土保持工作，拟订水土保持规划并组织实施，组织实施水土流失的综合防治、监测预报并定期公告，负责开发建设项目水土保持方案的审批、监督实施及水土保持设施的验收工作，组织、指导有关重点水土保持建设项目的实施。

(十)指导全州农村水利工作，组织协调农田水利基本建设，指导、协调节水灌溉等工程建设与管理,指导、协调农村水利社会化服务体系建设工作。

(十一)负责全州水能资源的开发利用管理工作，指导、组织和实施水能资源规划编制、设计审查、建设监管、水库防汛调度等方面的工作。指导、组织水电农村电气化和小水电代燃料工作。

(十二)负责州内重大涉水违法事件的查处，协调跨县市水事纠纷，指导、组织全州水政监察、水行政执法、渔政执法和水利规费征收工作。依法监督水利水产行业安全生产工作，组织、指导水库、水电站大坝的安全监管，组织、指导水利水产建设市场的监督管理，组织实施水利水产工程建设的监督。

(十三)开展全州水利水产科技、教育和对外合作工作。组织开展全州水利水产行业质量监督工作，组织拟订全州水利水产行业的有关技术标准、规程规范并监督实施。承担全州水利水产统计工作。组织开展全州水利水产行业对外交流工作。

(十四)承办上级交办的其他事项。

州水利水产局机关行政编制为29名，工勤编制3名。领导职数：局长1名，副局长3名，纪检组长1名，总工程师1名，州防汛抗旱指挥部办公室常务副主任(副县级)1名；科级领导职数11名(含州防办副主任1名)，副科级领导职数4名。

(一)水资源保护与水污染防治的职责分工。州水利水产局负责水资源保护，州环境保护局负责水环境质量和水污染防治。

(二)河道采砂管理的职责分工。州水利水产局负责全州河道采砂的统一管理和监督检查工作；州公安局负责水上治安管理工作，依法打击采砂活动中的违法犯罪行为；州交通运输局负责州境内通航河流航道管理及水上交通安全的监督管理工作。

(三)将城市涉水事务的具体管理职责交给城市人民政府，并由城市人民政府确定供水、节水、排水、污水处理方面的管理体制，州水利水产局根据所承担的职责负责业务上的指导。

(四)农村改水工作的职责分工。农村改水工作由州水利水产局负责，州卫生局负责做好农村饮水安全工程的水质检测、监测工作。

（五）所属事业单位的设置、职责和编制事项另行规定。

(一)水资源保护与水污染防治的职责分工。县水利水产局负责水资源保护，县环境保护局负责水环境质量和水污染防治。

(二)河道采砂管理的职责分工。县水利水产局负责全县河道采砂的统一管理和监督检查工作。县公安局负责水上治安管理工作，依法打击采砂活动中的违法犯罪行为；县交通运输局负责县境内通航河流航道管理，水上交通安全的监督管理工作。

(三)县住房和城乡建设局负责城市涉水事务的具体管理职责，并由住房和城乡建设局确定供水、节水、排水、污水处理方面的管理体制，县水利水产局根据所承担的职责负责业务上指导。

(四)农村改水工作的职责分工。农村改水工作由县水利水产局负责，县卫生局负责做好农村饮水安全工程的水质检测、监测工作。

(五)所属事业单位的设置、职责和编制事项另行规定。

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县水利水产局机关行政编制13名，工勤编制1名。领导职数：局长1名，副局长3名（其中1名副局长兼任县防汛办副主任），总工程师1名；内设机构负责人职数7名。

(一)负责《中华人民共和国水法》、《中华人民共和国水土保持法》、《中华人民共和国防洪法》、《中华人民共和国渔业法》及《恩施土家族苗族自治州水土保持条例》等法律法规的贯彻实施和监督检查，推进全县水利水产行业依法行政工作，拟订全县水利水产水保和农村水电及电气化建设工作的方针政策和实施办法等，经批准后组织实施。

(二)负责保障全县水资源与水产资源及水能资源的合理开发利用，拟订全县水利水产发展战略规划和政策，组织编制全县重要河流的综合规划、专业规划等重大水利规划。

(三)负责提出全县水利水产固定资产投资规模和方向的建议，组织实施监督管理国家和省、州审批、核准的全县水利水产规划内和年度计划规模内固定资产投资项目，负责提出县级财政性资金的水利投资安排意见。

(四)负责全县生活、生产经营和生态环境用水的统筹兼顾和保障。实施水资源的统一监督管理，拟订全县和跨乡镇水资源中长期供求规划、水量分配方案并监督实施。组织开展水资源和水能资源调查评价工作，负责全县重要河流与重大调水工程的水资源调度。组织实施取水许可、水资源有偿使用制度和水资源论证、防洪论证制度。指导水利行业供水和乡镇供水工作。指导、组织、协调全县农村饮水安全工程建设与管理工作。

(五)负责全县水资源与水产资源保护工作，组织编制水资源与水产资源保护规划，组织拟订重要河流的水功能区划并监督实施，核定水域纳污能力，提出限制排污总量建议，指导饮用水水源保护工作，指导地下水开发利用和城市规划区地下水资源管理保护工作。

(六)负责防治水旱灾害，承担县防汛抗旱指挥部的日常工作。组织、协调、监督、指挥全县防汛抗旱工作，加强城市防洪工程建设，对全县主要河流、小(一)型以上水库和重要水利工程实施防汛排涝抗旱调度和应急水量调度，编制宣恩县防汛抗旱应急预案并组织实施。指导水利突发公共事件的应急管理工作。

(七)负责全县节约用水工作。拟订节约用水政策，编制节约用水规划，制定有关标准，指导和推动节水型社会建设工作。

(八)主管全县河道、水库等水域及其岸线，指导全县水利设施、水域及其岸线的管理与保护，组织指导县内河流、水库的治理和开发，指导、组织水利工程建设与运行管理；按照分级管理、分级负责的原则，组织建设和管理具有控制性的或跨流域的重要水利工程。

(九)负责全县水土保持工作，拟订水土保持规划并组织实施，组织实施水土流失的综合防治、监测预报并定期公告，负责开发建设项目水土保持方案的审批、监督实施及水土保持设施的验收工作，组织、指导水土保持建设项目的实施。

(十)主管全县农村水利工作;负责组织实施农田水利基本建设、节水灌溉和乡镇供水等工程建设与管理；指导、协调农村水利社会化服务体系建设工作。

(十一)负责全县水能资源开发和流域规划的编制、审查上报工作。组织实施水电农村电气化和小水电代燃料工作

(十二)负责县内涉水违法事件的查处，协调并仲裁部门之间和乡镇之间水事纠纷，组织全县水政监察、水行政执法、渔政执法、水保执法和水利规费征收工作。依法监督水利水产行业安全生产工作，组织、指导水库、水电站大坝的安全监管，组织、指导水利水产建设市场的监督管理，组织实施水利水产工程建设的监督。

(十三)负责全县水利、水产、水保和农村水电及电气化的科技教育和对外合作（联络）工作。承担全县水利水产统计工作。组织开展全县水利水产行业对外交流工作。

(十四)负责全县水利水产系统公益性项目服务技术指导和行业管理，编制本行业农村公益性服务项目指南。

(十五)承办上级交办的其他事项。