玉树州水利局设4个内设机构：

（一）办公室。

负责文电、会务、机要、档案等机关日常事务工作。承担信息、保密、信访、政务公开、政府部门间的联系协调与督查督办等工作；负责局机关财务报账、水利统计报表及有关其他报表和人事工作。

（二）规划计划建设科。

起草水利规划，审核州管建设项目洪水影响评价和水利工程建设规划意见书，组织审核州管水利工程项目建议书和可行性研究报告。组织州管水利建设项目初步设计审核和工程建设与验收；指导州内水利工程建设管理；指导州管水利工程开工审批、蓄水安全鉴定和验收；组织协调全州农田、草原水利基本建设工作；指导农村牧区饮水安全、村镇供排水工作；指导实施农村牧区饮水安全工程建设；指导农田灌溉与草原灌溉工作；组织实施节水灌溉、雨水积蓄利用、灌区续建配套与节水改造、草原节水灌溉示范项目、泵站建设与改造工程建设；组织实施小型农田水利工程建设；指导水利建设市场的监督管理；承担州内水利科技项目和科技成果的管理工作；承担州管水利水电工程建设项目招投标活动监督管理，承担州管水利工程质量监督管理。

（三）水政水资源科。

负责水资源调查、评价和监测工作；编制水资源专业规划并监督实施；监督实施水资源论证制度、取水许可制度和水资源有偿使用制度；组织编制节约用水规划，监督实施各行业用水定额；承担地下水资源开发利用和保护工作；指导州管水电站大坝的安全监管，组织重大水利安全事故的调查，指导水利基础设施、水域及其岸线的保护与管理；指导河流、湖泊及河岸的治理开发，组织指导河道采砂管理及河道范围内建设项目管理的有关工作；指导水政监察和水行政执法工作；指导州管河流水能资源开发、小水电建设及管理工作。

（四）水利水土保持科。

承担水土流失综合防治；组织编制水土保持规划并监督实施；负责开发建设项目水土保持方案的审核并监督实施；组织水土流失监测、预报并公告；组织实施水土保持的宣传教育工作。

玉树州水利局主要职责：

（一）贯彻有关水利工作的法律法规和方针政策，拟订本地区水利发展中长期规划及年度计划并组织实施；参与拟订州管主要流域的防治规划和防洪规划；负责提出全州水利固定资产投资规模、方向和财政性资金安排的意见；按规定权限审批、核准规划内和年度计划规模内水利固定资产投资项目。

（二）实施水资源的统一监督管理。组织开展水资源调查评价工作和水能资源调查、规划管理工作；负责州内主要流域、区域以及水利工程的水资源调度；组织实施取水许可、水资源有偿使用制度和城乡规划及各类建设项目的水资源论证、防洪论证制度。

（三）负责全州水资源保护和节约用水工作。拟订水资源保护规划；组织水功能区的划分；监测全州江河湖库的水量、水质，审定水域纳污能力；提出限制排污总量的意见。指导饮用水水源保护工作；指导地下水开发利用和城市规划区地下水资源管理保护工作。组织实施节约用水政策、措施、规划和相关标准，推动节水型社会建设工作。

（四）指导全州水利基础设施、水域及其岸线的管理与保护，负责州管河流湖泊及河岸滩涂的治理、开发建设，指导和监督水利工程建设与运行管理。

（五）指导全州水土保持工作。研究制定水土保持的工程规划并组织实施；组织实施水土流失的监测和综合防治。指导重点水土保持及有关生态建设项目的实施。组织开展水土保持宣传教育工作。

（六）指导农村牧区水利工作。组织协调农田、草原水利基本建设，指导农村牧区人畜饮水工程、节水灌溉工程的建设与管理，指导农村牧区水利设施管理和社会化服务体系建设。组织实施小水电建设管理和乡镇供水工作。

（七）负责重大涉水违法事件的查处。协调、仲裁跨县水事纠纷，指导水政监察和水政执法。依法负责水利行业安全生产工作，负责对州管水库水电站大坝的安全监管，负责水利建设市场的监督管理。

（八）组织、协调、指挥全州防汛抗旱工作。指导水利突发公共事件的应急管理工作。

（九）按规定权限，负责全州水利工程建设项目招标投标活动的监督与管理；组织开展水利行业质量监督工作，执行水利行业的技术标准；承担水利科技推广和水利统计工作。

（十）组织指导河道采砂管理工作。

（十一）承办州政府交办的其他事项。

玉树州交通局机关行政编制为7名。其中：局长1名（正县级）、副局长2名（副县级），正科级领导职数4名。机关工勤人员事业编制1名。

玉树州交通局设4个内设机构：

（一）办公室

负责机关文电、会务、机要、档案、信息、统计、政务公开、督查督办、安全保密和信访工作；负责机关财务和国有资产管理；承办行政复议和行政应诉工作；拟订全州交通发展中长期规划并组织实施；提出行业体制改革方案；负责交通基础设施建设项目财务收支、工程预决算和专项资金的审计监督工作；发布交通信息。

（二）地方道路建设科

拟订地方道路交通的发展规划、计划；监督执行公路建设的行业政策、规章和技术规范；承担公路建设项目的科研论证、设计审查、招投标工作、施工监理、施工初验、竣工验收和后期评价工作；维护公路建设项目设计、施工、监理行业的平等竞争；承担国家及省级重点公路建设的协调服务工作。

（三）运输管理科（交通战备办公室）

拟订运输行业发展规划；承担城乡道路、物流运输市场的培养和监督管理，指导城镇公交、出租车汽车管理，指导运输线路、营运车辆、运输场所的管理工作；指导车辆综合性能检测，机动车驾驶员培训机构管理；指导交通行业安全生产和交通安全监督管理工作；承担交通运输行政执法监督检查、交通运输体制改革相关工作和交通运输行政事业收费的监督管理工作；承担全州交通战备工作；拟订国防交通的保障计划，指导、协调、监督国防交通运输工作，参与组织社会力量承担国防应急运输保障和道路保通任务。

（四）路政管理科

承担公路及其设施的维护和路政管理工作，承办破坏、损坏基础设施案件的查处以及治理“三乱”工作；指导县乡公路的养护和管理工作，保障公路畅通。