分子马达 （molecular motor）是美国康奈尔大学研究人员在活细胞内的能源机制启发下，制造出的一种马达。这种微型马达以三磷酸腺苷酶为基础，依靠为细胞内化学反应提供能量的高能分子三磷酸腺苷（ATP）为能源。

研究人员把金属镍制成的螺旋桨嫁接到三磷酸腺苷酶分子中轴上。当它们被浸于ATP溶液后，其中5个分子马达转动了起来，转速达到每秒钟8转。据介绍，这种马达只有在显微镜下才能被观察到，其镍螺旋桨长750纳米（一纳米为十亿分之一米）。根据拍摄到的画面，研究人员可以看到一个尘埃粒子先被旋转的螺旋桨吸入、再被甩出的情景。

分子马达，又名分子发动机，是分布于细胞内部或细胞表面的一类蛋白质，它们的构象会随着与ATP和ADP的交替结合而改变，ATP水解的能量转化为机械能，引起马达形变，或者是它和与其结合的分子产生移动。就是说，分子马达本质上是一类ATP酶。例如肌肉中的肌球蛋白会拉动粗肌丝向中板移动，引起肌肉收缩。而另外两种分子马达：驱动蛋白和动力蛋白，它们能够承载着分子“货物”-------------如：质膜微粒，甚至是线粒体和溶酶体，在由微管构成的轨道上滑行，起到运输的作用。

一类由生物分子组成，具有马达（发动机）功能的分子机器，能够象马达一样依赖于微管推进细胞器运动，故称为分子马达。常见的分子马达多为蛋白质，其家族有：驱动蛋白、动力蛋白和依赖于微丝的肌球蛋白，利用ATP水解得到的能量（化学能）推动马达转动（动能），从而推动细胞器运动。