成本管控，主要是通过明确相关政策，强化对开发项目成本费用的审核，实现对清算项目的有效控管。
第一节 清算申报审核
第二十七条 主管地税机关受理纳税人清 算申报资料后，应当自受理申报之日起90日内完成清算审核。
如有特殊情况无法于90日内完成审核，经县(市、区）级地税机关批准，可延期完成，并书面告知纳税人。
第二十八条 清算审核包括案头审核、实地审核。
案头审核是指对纳税人报送的清算资料进行数据、逻辑审核，重点审核项目归集的一致性、数据计算准确性等。
实地审核是指在案头审核的基础上，通过对房地产开发项目实地查验等方式，对纳税人申报情况的客观性、合法性进行审核。应当重点实地核查项目的楼栋、道路、绿化等工程量，确定学校、体育场馆、车位等的产权归属。
第二十九条 土地增值税以国家有关部门审批、备案的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位进行清算。具体清算单位由主管地税机关结合《建设用地规划许可证》《建设工程规划许可证》确定。
第三十条普通标准住宅同时符合以下条件：
（一）住宅小区建筑容积率在1.0以上;
（二）单套建筑面积在144平方米以下;
（三）实际成交价格低于同级别土地上住房平均交易价格1.44倍以下。
转让的地下室（储藏室）、停车位（车库）等附属设施按照其他房地产类型进行清算。
第三十一条 土地增值税扣除项目金额的确认：
（一）取得土地使用权所支付的金额。
1.纳税人为取得土地使用权所支付的地价款。以出让方式取得土地使用权的，地价款为纳税人所支付的土地出让金；以行政划拨方式取得土地使用权的，地价款为按照国家有关规定补交的土地出让金；以转让方式取得土地使用权的，地价款为向原土地使用人实际支付的地价款。
2.纳税人在取得土地使用权时按国家统一规定交纳的有关费用，包括为取得土地使用权所支付的契税。
（二）房地产开发成本。包括土地征用及拆迁补偿费、前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、公共配套设施费、开发间接费用。在房地产开发期间，按政府规定缴纳的与房地产开发项目直接相关的政府性基金和行政事业性收费，计入开发成本。
1.土地征用及拆迁补偿费，包括土地征用费、耕地占用税、劳动力安置费及有关地上、地下附着物拆迁补偿的净支出、安置动迁用房支出等。
（1）拆迁补偿费。拆迁补偿费应当是真实发生和实际支出的，支付给被拆迁人的拆迁补偿、拆迁（回迁）合同和签收花名册或签收凭据应当一一对应。
（2）拆迁安置费用的计算。
①房地产开发企业用建造的本项目房地产安置回迁户的，安置用房视同销售处理，按照本办法第十五条规定确认收入，同时计入房地产开发项目的拆迁补偿费。房地产开发企业支付给回迁户的补差价款，计入拆迁补偿费；回迁户支付给房地产开发企业的补差价款，应当抵减本项目拆迁补偿费。
②房地产开发企业采取异地安置，异地安置的房屋属于自行开发建造的，房屋价值按本办法第十五条规定计算，计入本项目的拆迁补偿费；异地安置的房屋属于购入的，以实际支付的购房支出计入拆迁补偿费。
③货币安置拆迁的，房地产开发企业凭合法有效凭据计入拆迁补偿费。
2.前期工程费，包括规划、设计、项目可行性研究和水文、地质、勘察、测绘、“三通一平”等支出。
3.建筑安装工程费，是指以出包方式支付给承包单位的建筑安装工程费、以自营方式发生的建筑安装工程费。
（1）发生的费用应当与决算报告、审计报告、工程结算报告、工程施工合同记载内容相符。
（2）房地产开发企业自购建筑材料时，自购建材费用不能重复计算扣除。
（3）房地产开发企业在工程竣工验收后，根据合同约定，扣留建筑安装施工企业一定比例的工程款，作为开发项目的质量保证金，在计算土地增值税时，建筑安装施工企业已就质量保证金对房地产开发企业开具发票的，按发票所载金额予以扣除；未开具发票的，扣留的质保金不得扣除。
（4）房地产开发企业销售已装修的房屋，其装修费用可以计入房地产开发成本。
（5）营改增后，土地增值税纳税人接受建筑安装服务取得的增值税发票，应当在发票的备注栏注明建筑服务发生地县（市、区）名称及项目名称，否则不得计入土地增值税扣除项目金额。
4.基础设施费，是指开发项目在开发过程中所发生的各种基础设施支出，主要包括开发小区内道路、供水、供电、供气、排污、排洪、通讯、照明、环卫、绿化等工程发生的支出。
5.公共配套设施费，包括不能有偿转让的开发小区内公共配套设施发生的支出。
（1）房地产开发企业开发建造的与清算项目配套的居委会和派出所用房、会所、停车场（库）、物业管理场所、变电站、热力站、水厂、文体场馆、学校、幼儿园、托儿所、医院、邮电通讯等公共设施，按以下原则处理：
①建成后产权属于全体业主所有的，其成本、费用可以扣除；
②建成后无偿移交给政府、公用事业单位用于非营利性社会公共事业的，其成本、费用可以扣除；
③建成后有偿转让的，应当计算收入，并准予扣除成本、费用。
（2）纳税人将公共配套设施等转为自用或出租，不确认收入，其应当分担的成本、费用也不得扣除。
6.开发间接费用，是指直接组织、管理开发项目发生的费用，包括工资、职工福利费、折旧费、修理费、办公费、水电费、劳动保护费、周转房摊销等。
房地产开发企业办理土地增值税清算所附送的前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、开发间接费用的凭证或资料不符合清算要求或不实的，主管地税机关可参照当地建设工程造价管理部门公布的建安造价定额资料，结合房屋结构、用途、区位等因素，核定上述四项开发成本的单位面积金额标准，并据以计算扣除。各市地方税务局应当定期获取当地建安造价定额相关资料，合理制定上述成本核定标准。
（三）房地产开发费用。是指与房地产开发项目有关的销售费用、管理费用、财务费用。
1.财务费用中的利息支出，凡能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额。其他房地产开发费用，按照“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的5%计算扣除。
2.凡不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明的，房地产开发费用按照“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的10%计算扣除。
全部使用自有资金，没有利息支出的，按照以上方法扣除。
3.房地产开发企业既向金融机构借款，又有其他借款的，其房地产开发费用计算扣除时不能同时适用本条1、2项所述两种办法。
（四）与转让房地产有关的税金。营改增前，指在转让房地产时缴纳的营业税、城市维护建设税、教育费附加。
营改增后，“与转让房地产有关的税金”不包括增值税。房地产开发企业实际缴纳的城市维护建设税、教育费附加，凡能够按清算项目准确计算的，允许据实扣除。凡不能按清算项目准确计算的，则按该清算项目预缴增值税时实际缴纳的城建税、教育费附加扣除。
（五）财政部规定的其他扣除项目。对从事房地产开发的纳税人可按本条（一）、（二）项规定计算的金额之和，加计20%扣除。
第三十二条 审核扣除项目是否符合下列要求：
（一）在土地增值税清算中，扣除项目金额中所归集的各项成本和费用，应当是实际发生的。除另有规定外，扣除项目须提供合法有效凭证；不能提供合法有效凭证的，不予扣除。
合法有效凭证是指：
1.支付给境内单位或者个人的款项，且该单位或者个人发生的行为属于营业税或者增值税征收范围的，以该单位或者个人开具的发票为合法有效凭证；
2.支付的行政事业性收费或者政府性基金，以相关部门开具的财政票据为合法有效凭证；
3.支付给境外单位或者个人的款项，以该单位或者个人的签收单据为合法有效凭证，税务部门对签收单据有疑义的，可以要求其提供境外公证机构的确认证明；
4.其他合法有效凭证。
（二）扣除项目金额应当准确地在各扣除项目中分别归集，不得混淆。
（三）纳税人分期开发项目或者同时开发多个项目的，或者同一项目中建造不同类型房地产的，其扣除项目金额的分摊比例，可按实际转让的土地使用权面积占可转让的土地使用权面积的比例计算，或按已售建筑面积占可售建筑面积的比例计算，也可按地税机关确认的其他方式计算。
（四）对同一类事项，应当采取相同的会计政策或处理方法。会计核算与税务处理规定不一致的，以税务处理规定为准。
（五）扣除项目金额中所归集的各项成本和费用应当是在清算项目开发中直接发生的或应当分摊的。
（六）扣除项目涉及的增值税进项税额，允许在销项税额中计算抵扣的，不计入扣除项目，不允许在销项税额中计算抵扣的，可以计入扣除项目。
第三十三条 房地产开发企业处置利用地下人防设施建造的车库（位）等设施取得的收入，不计入土地增值税收入，凡按规定无偿移交给政府、公共事业单位用于非营利性社会公共事业的，准予扣除相关成本、费用。
第三十四条 地税机关在开展土地增值税清算审核工作中，可以按规定探索购买劳务的方式，协助解决工程造价等专业技术问题。
第三十五条 为确保清算审核工作更加专业、高效，各主管地税机关可设立集中清算审核工作组，由专人（组）对清算项目实施分类、切块式的审核模式。即将一个清算项目分为项目概况、收入、成本、费用四大类分别进行审核。每一类别均由相对固定人员（小组）按照规定的标准进行审核，并负责相应数据、文书、政策的合成和归集。
第二节 清算税款征收
第三十六条 土地增值税清算审核结束，主管地税机关应当出具《税务事项通知书》，将审核结果书面通知纳税人，并确定办理补、退税期限。
第三十七条 纳税人符合以下条件之一的，可实行核定征收。
（一）依照法律、行政法规的规定应当设置但未设置账簿的；
（二）擅自销毁账簿或者拒不提供纳税资料的；
（三）虽设置账簿，但账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以确定转让收入或扣除项目金额的；
（四）符合土地增值税清算条件，纳税人未按照规定的期限办理清算手续，经地税机关责令限期清算，逾期仍不清算的；
（五）申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的。
第三十八条 核定征收土地增值税的，纳税人应当按照取得的转让房地产收入（不含增值税）和核定征收率计算缴纳土地增值税。计算公式如下：
应缴税款=转让房地产收入（不含增值税）×核定征收率
第三十九条 核定征收率原则上不得低于5%。各市地方税务局应当根据国家税务总局、省地方税务局的要求，通过国土部门查询项目土地价格、参照当地扣除项目金额标准、同期同类房地产销售价格等因素，科学合理确定不同房地产类型土地增值税核定征收率，并报省地方税务局备案。
第四十条 符合上述核定征收条件的，税务人员应当对房地产项目开展土地增值税核定征收核查，经主管地税机关集体审议并报上一级地税机关备案后，通知纳税人补缴税款或办理退税。
北京市地方税务局关于明确土地增值税有关问题的公告
南宁市地方税务局关于土地增值税清算管理办法有关问题的通知
山东省地方税务局土地增值税 “三控一促”管理办法（试行）第七章 附 则